La nueva escuela empezó con fuerzas básicas, obtuvo una franquicia en quinta división y más adelante, una en segunda.
Finalmente surgió la oportunidad de jugar en Oaxaca y la directiva decidió que ahí estaba el hogar del equipo.
[3][4] Apertura 2013 El equipo resultó la sorpresa del torneo, consiguiendo mantenerse invicto durante 7 jornadas.
El buen paso y la regularidad mantenida en el torneo les permite asegurar el liderato general, tras vencer 2-1 a Cruz Azul Hidalgo, y con ello asegurar el pase automático a la fase de semifinales.
Clausura 2014 El primer reto del equipo, fue buscar un reemplazo para Gustavo Adrián Ramírez, quien, debido a que su carta le pertenece al Grupo Pachuca, fue transferido a su filial, Estudiantes Tecos.
Apertura 2013 El equipo logró el liderato absoluto, tanto en su Grupo como general, llegando a Semifinales, donde perdieron ante los rojinegros del Atlas en penales, en un partido donde pesó la experiencia del equipo militante de la primera división.
La fase final se caracterizó por el dramatismo, en cuartos de final derrota al Quéretaro, equipo de la Primera División de México, con marcador 2-1, Raymundo Torres al '57 y Dani Santoya al '66, ponían en ventaja a los oaxaqueños, sin embargo al '78 Ricardo Da Silva acerca a los Gallos Blancos, y a partir de ese momento, el portero Sergio Arias se convierte en factor para alcanzar por segundo torneo consecutivo las semifinales.
En la semifinal se enfrentaron al Pachuca, en el duelo más emotivo hasta ese momento de la historia del equipo.
llega como el mejor equipo del torneo, con paso perfecto en su casa, y como gran favorito para llevarse el título, sin embargo, los Alebrijes de Oaxaca había demostrado que era capaz de consumar sorpresas.
Los de Nuevo León no encontraban por donde hacer daño al rival, pero Braulio Godínez cometió falta dentro del área a Juninho y el árbitro Jorge Isaac Rojas marcó penal, que cobró el mismo brasileño y así llegó el 1-0 a los 36 minutos.
Los “felinos” a poco lucieron más peligrosos que el rival y a los 66 minutos el delantero Alan Pulido puso el 2-0, luego que aprovechó un rechace del portero Arias tras un disparo de Damián Álvarez, para empujar la pelota al fondo de la cabaña del contrincante.
Los equipos invitados son el Querétaro, Tampico-Madero y el Club Liga Alajualense de Costa Rica.
[6] El mismo 28 de mayo se anunció la continuidad del club Alebrijes de Oaxaca, sin embargo, el equipo ahora es administrado por el empresario Víctor Sánchez, quien contaba con la franquicia Zacatepec Siglo XXI, que se encontraba congelada en al Ascenso MX.
[8] En su primer torneo bajo la nueva gestión, el equipo logró finalizar como líder general de la competencia, posteriormente, en la liguilla por el campeonato, los Alebrijes conquistaron su segundo título tras derrotar al Club Atlético Zacatepec en la final, con un marcador global de 5-3.