El club adoptó temporalmente el nombre de Galicia y la temporada 1988-89 fue subcampeón de la Segunda División "B" al perder la final ante Bachilleres, ambos equipos lograron el ascenso a la Segunda División "A".

El equipo estuvo durante una temporada en la cual terminó como penúltimo lugar general y descendió nuevamente.

Para la temporada 1990-91 el equipo regresa al nombre Atlético Cuernavaca y consigue el ascenso otra vez.

[1]​ El equipo se mantuvo en la Segunda División "A" las siguientes tres temporadas.

En 2013, Jorge Arizmendi adquiere la franquicia,[2]​[3]​ El Estadio Centenario se ubica al norte de la ciudad de Cuernavaca, Morelos, en la Avenida Universidad, en la colonia Lienzo Charro.