[1][2] Nació en Nueva Orleans, Luisiana, hijo de Joel y Leonard Stern.
En 1995 fue elegido para dirigir la misión del transbordador espacial que quedó finalista y en 1996, fue elegido como candidato para formar parte de la tripulación del transbordador espacial aunque al final no lo consiguió.
Ha participado en veinticuatro misiones espaciales planetarias, orbitales y suborbitales, en ocho de ellas como principal investigador.
[4] Ha participado en la dirección y diseño de varios instrumentos científicos para distintas misiones planetarias del espacio cercano, y colaborador invitado de excepción efectuando observaciones en numerosos observatorios espaciales, entre los que se incluyen el Explorador Ultravioleta Internacional (IUE), el telescopio espacial Hubble (HST), el Observador Espacial Infrarrojo (ISO) y el Explorador del Ultravioleta Extremo (EUVE).
[5][4] Alan Stern respondió a esta posibilidad con una negativa, por la razón de que prefería pasar más tiempo con su familia.