En los primeros años de reinado, el Estado alcanzó su máxima extensión; luego, comenzó la crisis que terminó por destruirlo, ya fallecido Ibn Yúsuf.[3] A diferencia de su padre, no se tiene constancia que visitase el desierto, y su formación fue urbana.[12] Para entonces contaba ya con experiencia administrativa, pues a los dieciocho años se le había encomendado la supervisión del sistema judicial.[14] La rebelión fracasó cuando el nuevo soberano decidió marchar contra la ciudad, sola en su rebeldía, y la población, insegura de sus fuerzas, retiró su titubeante apoyo a Yahya, que huyó hacia Tremecén.[14] Seguidamente realizó algunos cambios administrativos: al gobernador de Córdoba, Muhámmad ibn al-Hach, le asignó la región de Fez, mientras que a su hermano Tamin, que hasta entonces había administrado el territorio marroquí, lo envió a al-Ándalus.[15][4] Apenas seis meses más tarde, sin embargo, Ibn al-Hach volvió al norte, para asumir el gobierno de Valencia.[16][17] Este gozaba de paz, sin amenazas internas ni externas al dominio almorávide.[18] A pesar de esto, las campañas las realizaron casi todas sus capitanes, en general capaces, pues Ibn Yúsuf solo visitó el territorio en cuatro ocasiones: en 1107, 1109, 1117 y 1121.[25] En la península ibérica los gobernadores tendieron a desembarazarse[28] del escaso control central y adoptaron la sofisticada cultura andalusí.[30] El imperio quedó controlado indirectamente por los alfaquíes, que empleaban su influencia en el soberano para dominar el Estado y mejorar su posición.