Esta especie fue descrita originalmente en 2000 por los mastozoólogos estadounidenses Janet K. Braun y Michael A.
[5] La localidad tipo referida es: “La Pega (32°48′S 68°40′W), departamento Lavalle, provincia de Mendoza, Argentina”.
Etimológicamente el epíteto específico oenos deriva de una palabra del idioma griego, en donde significa 'vino', en relación con el aprovechamiento agrícola del área tipo, ya que La Pega (la terra typica) era un viejo viñedo.
[6][5] La descripción de Akodon oenos se realizó sobre una serie de ejemplares de dos localidades mendocinas[5] que habían sido colectados por Julio Rafael Contreras y María I. Rossi y etiquetados como ‘‘Akodon minoprioi nueva especie’’,[7] pero nunca el taxón recibió una descripción formal, por cual pasó a ser considerado como un nomen nudum.
[5][9] En el año 2003, Pardiñas, Teta, Cirignoli y D. H. Podestá lo consideraron una buena especie,[10] sin embargo en el año 2011, Pardiñas, Teta, D’ Elía y Gabriela Díaz lo consideraron un sinónimo más moderno de A. spegazzinii Thomas, 1897 (con localidad tipo en Cachi Abajo, provincia de Salta, Argentina).
Novillo y R. Ojeda realizó análisis morfométricos y morfológicos (estudios de componentes principales y análisis discriminantes observando 11 variables morfométricas del cráneo), sobre 359 especímenes del género en los cuales se encontraban la serie topotípica completa de Akodon oenos e individuos de A. spegazzinii provenientes de Mendoza más otros correspondientes a todas las formas nominales que fueron sinonimizadas bajo ese nombre (A. alterus, A. leucolimnaeus y A. tucumanensis).