Durante el Sitio de Malta, entre 1940 y 1942, tuvo que colaborar con el Ejército británico en la defensa de la isla, un punto estratégico tanto para el Eje como para los Aliados debido a su posición central en el mar Mediterráneo.

La prensa maltesa desveló en 2014 que después de la guerra mantuvo un breve romance por correspondencia con un militar británico.

[3]​ Al terminar la guerra, Barbara completó sus estudios y se convirtió en maestra.

[1]​ No obstante, se mantuvo en las filas del Partido Laborista y prosiguió su actividad política.

En esta ocasión aumentó la educación obligatoria a los 16 años y estableció un nuevo sistema mixto de enseñanza, con las primeras escuelas técnicas.

[1]​[7]​ Tras concluir su mandato presidencial, Agatha Barbara se retiró de la política y estableció su residencia en Żabbar.