Ese mismo año fue apresado por las fuerzas gubernamentales, saliendo de prisión bajo una amnistía general en 1949.
[1] Gracias al prestigio alcanzado entre los campesinos cordilleranos, en 1958 le encargan desde el Comité Central del PCP la creación de un grupo de autodefensa campesino bajo la influencia del Partido.
[4] La discusión acerca del traslado de la Columna Mariscal López a otra zona más segura generará conflictos internos que repercutirán tanto en el seno del grupo guerrillero, como en Asunción, Buenos Aires y Montevideo, dónde residían exiliadas las autoridades del Partido Comunista Paraguayo.
En un intento por calmar las aguas, y para relanzar las acciones de la columna, a fines de 1963 el Comité Central del PCP toma la decisión de enviar a los tres comandantes (Agapito Valiente, Celso Ávalos Ocampos y Romilio López) a un curso político-militar en la Unión Soviética, y autoriza la entrada para reemplazar a aquellos de los nuevos comandantes: Blas Ignacio Alvarenga, Santiago Coronel Acevedo y Andrés Ramón García Valiente.
Jerarcas del Partido Comunista de la Unión Soviética, como Mijail Suslov, hacen causa común con esta fracción, y acuerdan con Agapito Valiente que este abandonde el curso que estaba realizando en Moscú y viaje a Buenos Aires a organizar una reunión del Partido para proponer la destitución de Oscar Creydt de la Secretaría General.
Sólo le permitió volver a ser comandante de una columna inexistente que Arturo intentará reorganizar reingresando nuevamente al Paraguay durante julio o agosto de 1967.
[9] En octubre de 1967, finalmente, Agapito Valiente reingresa al Paraguay para reconstruir a la Columna Mariscal López y continuar la lucha contra la dictadura de Stroessner[10] 1968-1970: Durante todo 1968 y 1969 estuvo por los lugares que solía frecuentar a principios de la década.
Según declaraciones de su primo, Albino Areco, compañero en la guerrilla, Agapito Valiente fue entregado a la Policía por Blas Cristaldo, quien tenía que llevarlo a Asunción para luego salir del país.