Hagåtña fue fundada como San Ignacio de Agaña durante el dominio colonial español sobre las Islas Marianas hasta 1898.
[1] Al ser anexionada por los Estados Unidos, dado que el inglés carece del fonema /ñ/ convirtieron el nombre en Agana, pese a la pronunciación en chamorro y español.
[2] La forma original, Hagåtña puede significar tanto "su sangre", en el sentido de descendencia, como la frase "mejor que Agat", en referencia a la ciudad sitada al sur; ambas variantes dependen de la interpretación del sufijo chamoro -ña como relativo o comparativo.
En 1668 el primer misionero español, el sacerdote Diego Luis de San Vitores, llegó a la isla.
El jefe Kepuha donó las tierras en Agaña que permitían al padre San Vitores construir la primera iglesia en Guam: la Catedral Basílica del Dulce Nombre de María.
Durante la época española Agaña fue la primera y más importante ciudad de Oceanía.
Entre los edificios existentes se encuentran la Azotea, la Casa del Chocolate y la Puerta de Tres Arcos.
En 1898 y tras la derrota española en la guerra Hispano-Estadounidense Guam fue cedida por España a Estados Unidos.
Desde entonces Agaña ha seguido siendo la sede del Gobierno estadounidense insular en virtud de la Administración Naval.