Nacido en Burgos, fue hijo de un venerado caballero que, junto con su madre, intentaron persuadirlo para que siguiera una carrera militar, pero Diego no aceptó y siguió su vocación religiosa.

En 1662, San Vitores hizo escala en la isla Guaján (denominada Guam a partir de 1900) en el camino hacia las Filipinas, prometiendo regresar algún día.

El misionero llegó a Guam y visitó un pueblo llamado Hagåtña, donde fue bien recibido y saludado por su jefe Kepuha, cuya familia donó tierras para que se estableciera la primera misión católica en la isla.

Un chino llamado Choco, un delincuente de Manila que se exilió en Guam, comenzó a propagar rumores de que el agua bautismal utilizada por los misioneros era venenosa.

Como algunos lactantes enfermizos que fueron bautizados murieron al poco tiempo, muchos creyeron la historia y maldecían a los misioneros responsables.

Choco fue apoyado gustosamente por los macanjas (curanderos) y los urritaos (hombres jóvenes) que despreciaban a los misioneros.

Los testigos afirman que Calungsod pudo haber escapado al ataque, pero no quería dejar a San Vitores solo.