Hagåtña fue fundada como San Ignacio de Agaña durante el dominio colonial español sobre las Islas Marianas hasta 1898.

[1]​ Al ser anexionada por los Estados Unidos, dado que el inglés carece del fonema /ñ/ convirtieron el nombre en Agana, pese a la pronunciación en chamorro y español.

[2]​ La forma original, Hagåtña puede significar tanto "su sangre", en el sentido de descendencia, como la frase "mejor que Agat", en referencia a la ciudad situada al sur; ambas variantes dependen de la interpretación del sufijo chamoro -ña como relativo o comparativo.

En 1668 el primer misionero español, el sacerdote Diego Luis de San Vitores, llegó a la isla.

El jefe Kepuha donó las tierras en Agaña que permitían al padre San Vitores construir la primera iglesia en Guam: la Catedral Basílica del Dulce Nombre de María.

Durante la época española Agaña fue la primera y más importante ciudad de Oceanía.

Entre los edificios existentes se encuentran la Azotea, la Casa del Chocolate y la Puerta de Tres Arcos.

Desde entonces Agaña ha seguido siendo la sede del Gobierno estadounidense insular en virtud de la Administración Naval.

Agaña está situada en la desembocadura del río homónimo, en la costa oeste de Guam.