Se proyectó un edificio permanente para albergar la colección del museo en Agaña en 2014.
El Museo de Guam se ha alojado en lugares temporales desde la Segunda Guerra Mundial.
La Legión estadounidense gestionó el museo desde su creación en 1933 hasta 1936, cuando el control fue transferido a la Armada de los Estados Unidos.
Guam fue invadida por los japoneses en diciembre de 1941 y ocupada hasta 1944.
El edificio del museo original, junto con toda su colección, fue destruido durante la Batalla de Guam de 1944, en el que las fuerzas estadounidenses recuperaron la isla del control japonés.