Tras la hazaña del primer planeo documentado por Abbás Ibn Firnás en 875, el primer vuelo cordobés sería documentado el 19 de mayo de 1910 por un aviador llamado Bernier, lo que llevó en los años 1930 a la creación de un aerodrómo desde el que se llevaron a cabo vuelos militares durante la guerra civil española por los aviones Breguet 19, Nieuport-52 y Aero-101.
La iniciativa tuvo poca acogida en el Ministerio del Aire, por lo que el Ayuntamiento de Córdoba, bajo directrices del alcalde Antonio Cruz Conde y del arquitecto José Rebollo Dicenta, tuvo que hacerse cargo de los pagos.
El 5 de noviembre se produjo el primer vuelo hacia Madrid con la compañía Aviaco, utilizando un cuatrimotor Heron de doce plazas, que más tarde sería sustituido por un DC-3.
La línea Córdoba-Jerez se inauguró en 1960, aunque su baja rentabilidad obligó al Ayuntamiento y la Diputación a pagar la mitad de los gastos para mantenerla.
Ese mismo año se produjeron la ampliación y remodelación de la terminal.
[2] Durante un corto período, en 2008, la aerolínea Flysur operó desde este aeropuerto vuelos a Vigo, Barcelona y Bilbao, siendo las únicas líneas regulares que salieron desde él en mucho tiempo.
El avión utilizado fue un Airbus A320 de la compañía Czech Airlines.
Para el verano de 2024 vuelven los vuelos regulares con Air Nostrum.