El nombre del aeropuerto se debe a la capital, Malabo, conocida anteriormente como Santa Isabel y que se encuentra aproximadamente 9 km al este.

Durante la guerra civil nigeriana, el aeropuerto fue utilizado como base para los vuelos a Biafra.

El viejo galpón de lata ha sido substituido por un edificio adecuado a las necesidades de los pasajeros que transitan por él.

El aeropuerto ahora recibe cómodamente una cantidad más grande de tráfico extranjero, aunque algunas veces queda en evidencia una necesaria ampliación del mismo.

Mientras tanto, se están construyendo los aeropuertos de Mongomo y Corisco, que se encuentran en fase de finalización.