Fue nombrado por el General Mariano Matamoros, un sacerdote liberal mexicano, que participó en la guerra de Independencia de México.
A finales de 2012, la aerolínea mexicana Volaris suspendió la ruta hacia Tijuana, de la misma forma, la aerolínea de bajo costo Viva canceló en 2013 las rutas hacia Monterrey y Cancún.
Para el 2021, Cuernavaca recibió a 3,627 pasajeros, según datos publicados por la Agencia Federal de Aviación Civil.
La aerolínea TAR inició operaciones en marzo de 2016 con vuelos comerciales a Guadalajara y Monterrey; reactivando así las operaciones comerciales del aeropuerto, los cuales finalizaron en marzo de 2017, quedando nuevamente sin operaciones comerciales.
Según datos publicados por la Agencia Federal de Aviación Civil, en 2020 el aeropuerto recibió a 2,571 pasajeros, mientras que en 2021 el aeropuerto recibió 3,627 pasajeros.