Aerodactylus es conocido a partir de seis especímenes fósiles, y aunque todos ellos son juveniles, están preservados como esqueletos completos.
Un saco gular se extendía desde la mitad de la mandíbula hasta la parte superior del cuello.
[3] En la parte posterior craneal había una pequeña cresta u "orejera" la cual apuntaba hacia atrás formando una estructura cónica.
Tanto Zittel como Wagner objetaron la nueva especie de Meyer y esta fue sinonimizada con P. kochi en 1883.
[8] Broili[9] describió a un segundo espécimen y usó el nombre P. scolopaciceps, confiando en que esta era una especie válida.
No obstante, el nombre pasó desapercibido y Wellnhofer lo consideró como un sinónimo más moderno de P. kochi.