El conjunto del sistema forma una región natural a caballo de la provincia de Guadalajara y la Comunidad de Madrid, siendo prácticamente horizontal, con sus cotas máximas en el extremo nororiental (1.050 m) y mínimas en el suroccidental (750 m), con una pendiente cercana al 2,5 por mil.
El encajonamiento de la red fluvial, con el río Tajuña como eje principal, ha provocado la erosión de las calizas, de forma que el sistema ha quedado dividido en cuatro subunidades que constituyen acuíferos colgados[1] independientes: Subunidad sur y noroccidental en la margen derecha del Tajuña y Subunidades de Chinchón y Mondéjar en la margen izquierda.
En función de las medidas piezométricas realizadas por la confederación hidrográfica del Tajo, se considera que el acuífero se encuentra en régimen cuasi permanente saturado.
Aunque normalmente el residuo seco oscila entre 250 y 650 mg/l, en algunos puntos se superan ampliamente los 2.000, llegándose a alcanzar valores del orden de 6.300 mg/l.
Asimismo la calidad del agua para riegos es muy variable, desde apta a totalmente inadecuada para estos fines por el elevado riesgo de salinización o alcalinización.