A pocos metros del cruce, un tren serie SFE/SFD de la línea 2 del Biotren, que circulaba en dirección hacia la estación Alborada, se aproximaba al cruce en sentido norte-sur.
En cuestión de segundos, el tren impacta en el costado izquierdo del bus, arrastrandolo aproximadamente 30 metros, y dejándolo completamente destruido.
[5] En un primer balance, Carabineros de Chile cifró en 4 fallecidos y 8 lesionados, a los primeros minutos posteriores al accidente.
A las 10:00 hora local (UTC-4) del mismo día, el mayor Juan Carrasco de Carabineros reveló que aumentó a seis personas fallecidas, y que sobre el bus iban 14 personas (13 pasajeros y el chofer).
A las 16:00 hora local (UTC-4) se informa de la séptima y última persona fallecida producto del accidente.
[7] En el momento del accidente, el tránsito ferroviario por el puente Biobío (ubicado sobre el río Biobío y que conecta la estación Concepción con la estación Juan Pablo II) estaba suspendido desde el 24 de agosto de 2023 debido a una falla provocada posterior al temporal que afectó al país días antes; ante lo cual se habían implementado buses de acercamiento entre ambas estaciones.
[14][15] El 5 de septiembre, EFE Sur se querella contra el chofer del taxibus.
[24] Tras el accidente, diversas autoridades señalaron la importancia de desnivelar cruces ferroviarios a lo largo de la Ruta CH-160;[25][26][27] lo que a través del plan Más Movilidad, se priorizaron 7 cruces bajo nivel entre San Pedro de la Paz y Coronel,[28] donde el cruce donde ocurrió el accidente no está considerado.
[6] El sábado 2 de septiembre vuelve a ser públicamente cuestionado debido a que durante la noche, y ya estando vigente el duelo comunal decretado por el como alcalde de la comuna, circularon por redes sociales unas fotos donde es visto en un pub del Casino Marina del Sol, lo que fue visto como una "mala señal".
[29][30] A las horas del accidente, el alcalde Guiñez en un punto de prensa responsabiliza al Gobierno sobre el accidente señalando que este es el más grave pero no es el único accidente en la comuna, y que ha asistido a diversas reuniones con el Ministerio de Transportes y con EFE Sur para tratar la temática, y si bien reconoce avances en modernidad, señaló no ver avances en materia de seguridad.