[3] Se ha descrito que tiene un origen común con Entamoebidae y Dictyostelea.
[5] La familia Acanthamoebidae pertenece al orden Centramoebida en la clase Discosea, filo Amoebozoa.
[3] Por lo general, un sistema inmunológico sano puede evitar la infección, pero "se sabe que son patógenos oportunistas en la encefalitis amebiana granulomatosa (EAG), una enfermedad crónica de huéspedes inmunocomprometidos, como los pacientes con SIDA y los receptores de trasplantes".
[2] La EAG es el resultado de quistes microscópicos que se forman en el sistema nervioso central.
Acanthamoeba también puede ser fuente de infecciones en los pulmones, los senos nasales, la piel y los ojos.