Academia Fútbol Club

[10]​ La misma institución, constituyéndose bajo la razón social de Academia Fútbol Club, participó desde el año 2005 en dicho torneo.

En esa temporada, el equipo llegó a los cuadrangulares semifinales donde el primero de su grupo fue Cúcuta Deportivo que después ascendió a la Primera División,[11]​[12]​ en la temporada 2006 en el apertura clasificó a los cuadrangular final donde quedó eliminado por La Equidad[13]​ y en el finalización quedó eliminado del cuadrangular final al quedar cuarto detrás de centauros Villavicencio, Deportivo Rionegro y Valledupar F.C.

En el partido de ida, en Bogotá, Academia y Deportivo Pereira dividieron honores (1:1).

[22]​ En la vuelta, Deportivo Pereira con una actuación destacada de Óscar Restrepo, venció a Academia 3:1.

[23]​ En la temporada 2008[24]​ Academia no alcanzó a emular en parte lo hecho el año anterior.

Para la temporada 2010,[27]​ con un equipo bastante joven, Academia cumplió en el primer semestre la peor campaña de su historia con 14 puntos en 18 partidos, ubicándose en los últimos lugares en la tabla del certamen que se jugó todos contra todos a dos vueltas.

En la temporada 2011[33]​ llegaron jugadores importantes como Edgar Ramos y Oscar Londoño, quienes jugaron en buena parte del año, permitiendo que los dirigidos por Bernardo Redín clasificaran a los cuartos de final en el primer semestre, luego de liderar varias fechas.

[40]​ En el segundo semestre, se destacaron los atacantes juveniles Omar Fernández Frasica (goleador con 11 tantos)[41]​ y el debutante de 16 años Oswal Álvarez.