En el siglo XVI, la abadía pasó a estar gobernada por abades comendatarios, elegidos fuera de sus muros y a menudo con personajes vinculados al cenobio y que no residían.

Otro episodio nefasto protagonizado por el cenobio fueron las guerras de religión (1562-1598), que lo afectaron gravemente.

En 1632, el abad Henry de la Mothe Houdancourt impulsó su reconstrucción, que debido a su complejidad se alargó hasta 1712.

La cabecera tiene una serie de ábsides poligonales, el central con tres absidioles y los laterales simples.

Sobre la puerta se encuentra un gran relieve con una escena central dedicada al santo Teófilo el Penitente, que llegó a hacer un pacto con el diablo, pero que obtuvo el perdón de la Madre de Dios y acabó canonizado.