Fue fundada en el año 1151,[2] en el punto en que confluyen los ríos Auloue y Baïse, entre las poblaciones de Condom y Auch, por monjes procedentes de Borgoña, que construyeron en Gascuña esta joya del románico y del gótico.
Incendiada durante las guerras de Religión (fue saqueada en 1569 por los protestantes),[2] la abadía fue nuevamente restaurada por sus abades, pero tras a Revolución francesa fue vendida en tanto que bien nacional.
Tras haber sufrido un incendio en 1970, el edificio fue adquirido por el departamento del Gers en 1971,[2] dando inicio de inmediato una intensa campaña de restauración del mismo.
La abadía cisterciense acoge una exposición permanente sobre el Camino de Santiago, cuya preparación corrió a cargo del abad Loubes.
La abadía de Flaran irradió sus influencias hacia otros lugares.