Comenzó a disputarse en la temporada 1991, coincidiendo con el año en que el país reinstauró la independencia.
La Segunda Guerra Mundial y la invasión soviética interrumpieron el normal desarrollo de este torneo.
Las ocho siguientes ediciones se celebraron con el calendario futbolístico europeo, desde otoño hasta verano, pero el clima gélido del país motivó que desde 1999 cada temporada se desarrolle entre febrero y noviembre.
La competición se disputa anualmente, empezando en febrero y terminando en noviembre del mismo año por cuestiones climatológicas.
La clasificación final se establece con arreglo a los puntos totales obtenidos por cada equipo al finalizar el campeonato.
No obstante, la participación en la A Lyga está condicionada al cumplimiento de una serie de criterios económicos, por lo que la LFF se reserva el derecho a aceptar o rechazar cualquier participante.