Durante su trayectoria destacó por ser un delantero alto, poderoso y que se desenvolvía bien en el aspecto más físico del juego.

[1]​ Edgaras Jankauskas empezó a jugar al fútbol en la academia del F. K. Panerys de Vilna, su ciudad natal.

En 1991, a los 16 años, fue contratado por el Žalgiris Vilnius, entonces la entidad más importante de la recién independizada Lituania.

Aunque solo disputó 18 partidos, fue el tercer máximo anotador del plantel con 9 goles, uno menos que los titulares Gerasimov y Dmitri Jojlov.

Su adaptación fue muy buena y terminó el año 1997-98 como delantero titular, con 8 goles en 17 partidos que sirvieron a los azul-negros para proclamarse campeones de liga.

En enero del 2000, Jankauskas fichó por la Real Sociedad de la Primera División española, dirigido por Javier Clemente.

Para la campaña 2001-02 solo había anotado 4 goles en 13 partidos, y su entrenador John Benjamin Toshack no estaba contento con su rendimiento.

[2]​ En total, Edgaras Jankauskas jugó 56 partidos oficiales y marcó 19 goles con la camiseta de la Real Sociedad.

[2]​ Pero las negociaciones con la Real Sociedad no llegaron a buen puerto porque el pase (4,4 millones) era demasiado caro.

No obstante, formó parte de un equipo histórico junto con Vítor Baía, Ricardo Carvalho, Jorge Costa, Deco, Maniche y Derlei.

Cuando Mourinho se marchó al Chelsea F. C. en 2004, ninguno de los nuevos técnicos (primero Luigi Delneri y después Víctor Fernández) contaba con él.

[7]​ Por otra parte, sería el referente para otros lituanos que acabarían jugando allí del mismo modo, como Saulius Mikoliūnas y Andrius Velička.

[12]​ Jankauskas armó un plantel joven y, contra todo pronóstico, logró que su equipo finalizase cuarto, luchando incluso por puestos en competiciones europeas hasta las últimas jornadas.