El FK Atlantas fue un club de fútbol ubicado en Klaipėda, Lituania que jugó en la A Lyga, máxima categoría nacional.
En 2001 volvió a ganar la Copa Lituana, título que repetiría en 2003, y sus actuaciones ligueras mejoraron con dos subcampeonatos consecutivos.
La Federación Lituana de Fútbol descendió administrativamente al Atlantas en 2009 por diversas irregularidades.
[5] El Atlantas estaba en la Antra lyga (3° nivel) en 2020 y en la primera vuelta iba en primer lugar entre seis equipos.
En la fase final tenía esperanzas de ascender a la Pirma lyga, pero desapareció.