Con la independencia de Lituania vivió su mejor época deportiva entre 1999 y 2008, en la que ganó ocho ligas nacionales, cuatro copas y tres supercopas bajo la propiedad de Vladimir Romanov.

Con la independencia de Lituania se inscribió en la máxima categoría nacional (A Lyga) y vivió importantes cambios.

[1]​ A finales de la década de 1990 pudo mejorar la plantilla y aspirar a todos los títulos nacionales gracias al patrocinio del banco Ūkio bankas, propiedad del millonario Vladimir Romanov.

[2]​ El mandatario aprovechó esta situación para que los mejores lituanos del FBK Kaunas pudieran desarrollarse en el más competitivo torneo escocés, tales como Marius Žaliūkas, Andrius Velička, Saulius Mikoliūnas y Edgaras Jankauskas.

[3]​ En ese tiempo perdió el apoyo de todos los patrocinadores e incluso del Ūkio bankas, sumido en una grave crisis crediticia.