La investigación judicial quedó a cargo del juez federal Juan José Galeano y de los fiscales federales José Barbaccia y Eamon Mullen, a quienes en 1997 se sumó Alberto Nisman.Entre las personas detenidas se encontraban el excomisario de la Policía bonaerense Juan José Ribelli y Carlos Telleldín, acusados de haber conseguido y entregado al autor o autores del atentado, una camioneta Renault Trafic utilizada como coche-bomba.[2] Según las leyes argentinas, cuando se produce un delito, la justicia interviene en cuatro etapas principales sucesivas: a) la investigación preparatoria de la acusaciòn o instrucción; b) el juicio que decide sobre la acusación; c) los recursos para corregir eventuales errores; d) la ejecución de sentencia.[7] La diferencia entre la etapa de investigación y la etapa de juicio, es que en la primera el juez no puede juzgar ni condenar —aunque sí puede tomar medidas cautelares—, y en la segunda el tribunal no puede investigar, aunque sí puede ordenar pruebas adicionales.[8][9] Finalmente el tribunal quedó integrado por los jueces Jorge Luciano Gorini, Karina Perilli y Néstor Guillermo Costabel.En las primeras audiencias se leyeron los cargos que la fiscalía y las querellas hicieron a los acusados.En la tercera y cuarta audiencia se trataron cuestiones preliminares y en esta última comenzaron las declaraciones indagatorias de los acusados, sin que exista obligación de declarar, que se extendieron hasta la decimoprimera audiencia.En esta audiencia la querella del Ministerio de Justicia y Derechos Humanos agregó como prueba un documento del FBI donde se concluye que no existían pruebas suficientes para culpar a los policías bonaerenses que el exjuez Galeano había quitado de la causa.En la audiencia 17.ª declararon Graciela Linial y Jacobo Furman, quienes sufrieron la muerte de su hijo Fabián.[37] En la audiencia 20.ª, declararon como testigos dos policías bonaerenses detenidos por Galeano, Jorge Rago —que relató las amenazas recibidas por el juez Galeano para incriminar al policía bonaerense Anastasio Leal a cambio de dejarlo libre— y Diego Barreda —que declaró haber recibido presiones similares—.En la audiencia 21.ª, declararon como testigos los expolicías Oscar Bacigalupo y Argentino Lasala, ambos detenidos por Galeano, quienes también relataron las presiones del exjuez de la causa AMIA.Allí declararon declararon como testigos el expolicía Manuel García y dos familiares de Claudio Araya, un expolicía fallecido que estuvo seis años y medio preso acusado como partícipe del atentado.Declaró el testigo Juan Bottegal, un abogado vínculó a Carlos Telleldín con la policía de Vicente López.Declararon como testigos tres personas cercanas a la familia Kanoore Edul, sobre la investigación de la pista siria.Declararon como testigos tres policías que actuaron en la investigación dirigida por el exjuez Galeano: Carlos Heise, José Portaluri y Humberto Almerich.Declararon como testigos los policías José Luis Callojas y Eduardo Aguilera, que actuaron durante varios años en la investigación bajo las órdenes del acusado Jorge “Fino” Palacios.Durante la audiencia el tribunal ordenó detener a Aguilera acusándolo de falso testimonio.Declaró un solo testigo, Juan Trujillo, que fuera prosecretario de los fiscales Mullen, Barbaccia y Nisman.Declararon más empleados que trabajaban en el juzgado de Galeano: Karina Auletta, Jimena Castro y Esther Guarignielo.En la misma declararon el periodista Román Lejtman y Anselmo Galeano, un exfuncionario del Servicio Penitenciario Federal.En la misma declaró el especialista en presupuesto Raúl Enrique Rigo, citado a pedido de la defensa de Hugo Anzorreguy, para dar información sobre los fondos de la SIDE, testimoniando que debido a que todo el presupuesto del organismo “era fondo reservado”, no era posible saber qué uso se le dio a los fondos.Continuó la declaración del excapitán Héctor Pedro Vergez -esta vez en forma presencial- y se tomó testimonio a dos exagentes de Inteligencia.Declaró haber colocado el motor de la Trafic que habría explotado en la AMIA, razón por la cual está imputado en la causa principal.Declaró otro agente de inteligencia cuyo testimonio debe mantenerse reservado y Ariel Nitzcaner, un mecánico relacionado con Telleldín, quien hizo arreglos en la Traffic blanca probablemente utilizada en el atentado.Memoria Activa considerò que se trataba de una declaraciòn crucial para el juicio y solicitó la eliminación del secreto sobre su declaración.También relató en detalle la investigación contra los policías bonaerenses y las presiones que realizaba el juez.Que nos íbamos a meter en un quilombo si, en su momento, había llamado el hermano del presidente”.El testigo relató que debió refugiarse en Estados Unidos donde escribió un informe detallado del caso y firmó un contrato de confidencialidad con dos personas para que hicieran público el manuscrito si algo le sucedía.Durante la misma la querella de Memoria Activa solicitó que se diera a conocer las cartas de renuncia de los abogados querellantes del Poder Ejecutivo Nacional, Mariana Stilman y Ezequiel Strajman, donde relatan haber recibido presiones del ministro del área Germán Garavano y sostienen que el PEN podría terminar representando intereses distintos.Declaró Eduardo Telleldín, el hermano del acusado de haber preparado la camioneta usada como coche bomba.
