Intervino como secretario o funcionario en casos relevantes como: el enriquecimiento ilícito de María Julia Alsogaray, Adolfo Rodríguez Saa y el matrimonio de Néstor Kirchner y Cristina Fernández de Kirchner; el affaire Remigio González Moreno; la Operación Cóndor; varias causas de narcotráfico internacional, entre otros.

Esta causa, llamada comúnmente «causa Amia» correspondió al juzgado federal n.º 9, del cual Juan José Galeano era juez federal (entre los años 1993 y 2005).

Desde julio de 1994 hasta diciembre de 2003 investigó el atentado contra la AMIA y causas de corrupción conexas, determinando qué ocurrió, cómo ocurrió, cuál fue el arma utilizada, los explosivos que detonaron y las responsabilidades que pudieron detectarse, y realizando más de 60 denuncias por distintos temas relacionados con la investigación.

En 2001 ―tras 7 años de investigaciones― empezó el juicio oral en el cual tres años después se terminó acusando a Galeano y dejando a todos los imputados libres.

El 3 de septiembre de 2005, Juan José Galeano fue destituido de sus funciones como juez federal, y procesado por falso testimonio y por pagar sobornos en la causa del atentado terrorista (el mayor ataque contra judíos desde la Segunda Guerra Mundial, con 85 personas muertas y 300 heridas).