«01011001» es la forma binaria número 89, que se corresponde con la letra Y en el código ASCII.
Como todos los álbumes de Lucassen, 01011001 es un álbum conceptual basado en la misma historia desarrollada en anteriores trabajos de la banda, como Into the Electric Castle, The Universal Migrator o The Human Equation, que se emplaza en el planeta Y (de ahí el nombre en binario del disco).
Este álbum sigue dos historias: la primera cuenta la historia del planeta Y, los «Forever of the Stars» o Eternidad de las Estrellas, una comunidad que habría creado a la humanidad para redescubrir sus sentimientos; mientras que la segunda es una serie de canciones separadas que nos cuentan la vida de diversas personas en la Tierra.
Pronto, un nuevo Forever (Jørn Lande) se une a los representados por Steve y Daniel.
En la segunda parte, los Forevers de Hansi y Anneke tratan de empujar a los otros a actuar, comprendiendo que su futuro es negro y que no hay vuelta atrás.
Mientras que el personaje de Hansi espera que su ADN algún día llegue a algún mundo, el de Jørn se pregunta si es correcto crear y destruir vida.
Arjen Lucassen ha confirmado que "OL" se refiere al novio de Simone, Oliver Palotai.
Los Forever están contentos y esperanzados con su plan, confiando en su éxito para vivir de nuevo como en el pasado.
Entretanto, los Forever representados por Bob y Hansi se alegran de las noticias.
El personaje de Floor los empuja a pasar a la próxima fase del experimento, y el de Daniel concluye la canción diciendo que "la suerte está echada, estamos vivos".
Esta canción cuenta los tiempos donde los humanos, ya formados de las semillas del cometa, no han despertado.
El Forever de Anneke dice a las semillas que se mantengan tranquilas mientras lo hacen, y que "Naveguen por la corriente mientras bailo sobre las olas de un sueño despierto, mientras pasa frente a ustedes".
En los versos, el Sr. L alude a otros CD de Ayreon: la primera estrofa describe las experiencias del personaje Ayreon en The Final Experiment, la segunda incluye líneas de Into the Electric Castle sugiriendo que el Sr. L es el Hippie de ese álbum (cosa que es así, ya que Lucassen interpretó dicho personaje), y en la tercera se hacen alusiones a otras canciones en 01011001.
Para concluir, el Forever de Jonas sugiere poner un fin a todo esto y salvar las vidas que han arruinado.
Su compañera, otra científica del siglo XXI (Marjan Welman) señala que es la última oportunidad del hombre para sobrevivir, que si todo falla la humaidad será consumida por su propia maquinaria de guerra.
Su primer intento falla, enseñándoles que no tienen control sobre dónde irán a parar las visiones.
Todos los Forevers se lametan por cómo ha sufrido la humanidad en la guerra de 2084, y ven que sus miedos han sido efectivamente confirmados; que debido a su interferencia la humaidad se ha destruido a sí misma.
Con la tierra hecha un desastre y quemada tras la guerra final de la humanidad, los Forevers ruegan al Migrador Universal para que complete el círculo y les regrese sus vidas ("Complétanos, alma del Migrador/Sígueme a casa, completa el círculo").