Su colaborador más recurrente es el baterista Ed Warby, y el flautista Jeroen Goossens participó en todos los álbumes de Ayreon desde The Human Equation en 2004.

Ayreon Universe incluyó a Floor Jansen y Marco Hietala (Nightwish), Russell Allen (Symphony X), Damian Wilson (Threshold), Hansi Kürsch (Blind Guardian), Tommy Karevik (Kamelot, Seventh Wonder), Anneke van Giersbergen (The Gentle Storm), Jonas Renkse (Katatonia), Mike Mills (Toehider), Marcela Bovio (Stream of Passion), Irene Jansen (Ayreon), Robert Soeterboek (Star One), Edward Reekers (Kayak), Jan van Feggelen (Ayreon), Magali Luyten (Nightmare) y Lisette van den Berg (Scarlet Stories).

Originalmente, el álbum se tituló Ayreon: The Final Experiment, con el artista incluido en la lista como Arjen Lucassen, pero en el relanzamiento, el título fue cambiado a The Final Experiment, y el artista fue cambiado a Ayreon.

El álbum cuenta con ocho cantantes, cada uno interpretando un papel de un solo personaje, y once instrumentistas.

Además, contenía una vista previa del próximo proyecto de Arjen, Ambeon.

En 2005, coincidiendo con el décimo aniversario de Ayreon, The Final Experiment se reeditó con un disco semi-acústico adicional.

Lucassen atribuye esto a la depresión y su divorcio ocurrido el año anterior.

Arjen tomó un descanso de Ayreon y completó el nuevo proyecto paralelo, Guilt machine, en 2009.

En marzo de 2013, Arjen reveló que el título del próximo álbum sería The Theory of Everything.

Se realizó cuatro veces, todas en el teatro Nieuwe Luxor en Róterdam entre el 18 y el 20 de septiembre.

En enero de 2017, Lucassen reveló la portada del álbum y su título: The Source.

En el estilo típico del proyecto, el álbum cuenta con varios cantantes invitados para retratar a los personajes del álbum; aunque Lucassen prefiere trabajar una sola vez con un mismo cantante, seleccionó en su mayoría antiguos colaboradores, incluidos James LaBrie (Dream Theater), Simone Simons (Epica), Floor Jansen (Nightwish), Hansi Kürsch (Blind Guardian) , Tobias Sammet (Edguy, Avantasia), Tommy Karevik (Kamelot, Séptima maravilla) y Russell Allen (Sinfonía X, Adrenaline Mob), junto con recién llegados como Tommy Giles Rogers (Between the Buried and Me), para un total de doce vocalistas.

El espectáculo contó con 16 cantantes y 11 instrumentistas, todos los cuales habían trabajado previamente junto con Lucassen en sus álbumes de estudio.

Contó con los mismos instrumentistas que los shows de Ayreon Universe y la mayoría de sus vocalistas, junto con Simone Simons, Barry Hay y Tom S. Englund, que nunca antes habían actuado en vivo con Ayreon, y Mark Jansen, que nunca antes había colaborado con Lucassen; El propio Lucassen interpretó algunas canciones.