Fue fundado en 1990 como un club deportivo municipal y desde 2014 es el equipo representativo del distrito de Başakşehir.
Los orígenes del Başakşehir se remontan al club deportivo del Consejo Municipal de Estambul (en turco: İstanbul Büyükşehir Belediyesi, IBB), fundado en 1991 para aglutinar los equipos que estaban vinculados a empresas municipales.
En la temporada 2006-07, entrenado por Abdullah Avci, logró ascender a la Superliga de Turquía como segundo clasificado.
La nueva denominación concedió con la inauguración del Estadio Fatih Terim, en el que pasó a jugar sus partidos, y de una fuerte inversión económica para renovar la plantilla, que incluyó el regreso de Abdullah Avci al banquillo.
[3][2] En la temporada 2014-15 el Başakşehir se convirtió en la revelación del torneo con un cuarto puesto, y desde entonces ha competido por alzarse con títulos domésticos.