El APM se encuentra a la misma vez totalmente dentro de la Reserva Forestal Bajo Paraguá (RFBP) Limita al este con el parque nacional Noel Kempff Mercado, al norte con tierras fiscales y propiedades tituladas, cerca al límite departamental con el departamento del Beni al oeste con el Parque natural municipal Bajo Paraguá-Concepción y el Área protegida municipal Copaibo, ambos en el municipio de Concepción en la provincia Ñuflo de Chaves, y al sur con más tierras fiscales y propiedades tituladas en el municipio de San Ignacio.
La zona presenta un relieve mayormente plano a ligeramente ondulado, con altitudes que varían entre los 155 y los 526 m s. n. m. (metros sobre el nivel del mar).
[2] Sin embargo, existen sectores considerados como llanura aluvial, especialmente próximos al río Paraguá.
En el área existen también afloramientos rocosos, con pequeñas elevaciones de colinas y serranías del precámbrico.
El APM Bajo Paraguá se encuentra amenazado por diferentes factores, entre los más importantes la deforestación, los asentamientos ilegales y los incendios.