Se unió a Elvira Curiqueo de Talagante, princesa inca, la hija del cacique de Talagante, Tala Canta Ilabe —uno de los más respetados por los conquistadores— y en 1541 tuvo a Águeda, hija natural que se transformó en la heredera universal de todo el territorio de su padre, que incluía la viña que había plantado en la "Cuesta del Alemán" (actual Viña del Mar).

El testamento de Flores otorgado en 1585 (') dice: "Nombro por mi universal heredera a Doña Águeda Flores, mi hija natural, a la cual reconozco por tal mi hija natural para que lo haya y herede todo con cargo que no revoque ni contravenga, las donaciones que tengo hechas a los indios de Talagante y Putagán".

El hijo de este matrimonio, Pedro Lisperguer y Flores, que había heredado tierras en Peñaflor, trasladó a parte de los indígenas desde allí a estas tierras, aproximadamente en 1624.

En concreto según información de la familia, Agueda tenia un noviazgo con Alonso de Rivera, quien para sentar mayor influencia como Gobernador de Chile, contrae nupcias con la española Inés de Córdoba, luego por despecho Agueda y Catalina orquestan envenenar al Gobernador, y para esto utilizan al indio que es muerto mas tarde.

Para evitar mayores problemas, Agueda se casa con Juan Cardenas de Añasco y parte a Lima.