En un inicio los conflictos territoriales de estas organizaciones delictivas no incluían el ataque y daños a civiles pero desde la aparición de la Familia Michoacana y posteriormente los Caballeros Templarios esta situación cambió.
El mismo día en la comunidad de Tepacaltepec otro grupo liderado por José Manuel Mireles se armó en contra de los carteles, naciendo ese día las Autodefensas, cuyos líderes son vinculados directamente con el Cartel de Jalisco Nueva Generación como Juan José Farías Álvarez.
Actualmente hay muchas quejas porque se les da preferencia a ciertos grupos sobre otros.
Aunque varios grupos siguen estando sin registrarse ni tampoco sus armas.
También hay contingentes en Michoacán, en la región de Tierra Caliente, así como en Chapala, avecindado con Jalisco.