stringtranslate.com

Microsatélite

Un microsatélite es un tramo de ADN repetitivo en el que ciertos motivos de ADN (que varían en longitud de uno a seis o más pares de bases ) se repiten, normalmente entre 5 y 50 veces. [1] [2] Los microsatélites se encuentran en miles de ubicaciones dentro del genoma de un organismo . Tienen una tasa de mutación más alta que otras áreas del ADN [3], lo que conduce a una alta diversidad genética . Los genetistas forenses y en genealogía genética suelen denominar a los microsatélites repeticiones cortas en tándem ( STR ) o repeticiones de secuencia simple ( SSR ) por los genetistas de plantas. [4]

Los microsatélites y sus primos más largos, los minisatélites , se clasifican juntos como ADN VNTR (número variable de repeticiones en tándem ). El nombre ADN "satélite" se refiere a la observación temprana de que la centrifugación del ADN genómico en un tubo de ensayo separa una capa prominente de ADN en masa de las capas "satélite" de ADN repetitivo que la acompañan. [5]

Se utilizan ampliamente para la elaboración de perfiles de ADN en el diagnóstico de cáncer , en análisis de parentesco (especialmente pruebas de paternidad ) y en identificación forense. También se utilizan en el análisis de ligamiento genético para localizar un gen o una mutación responsable de un rasgo o enfermedad determinado. Los microsatélites también se utilizan en genética de poblaciones para medir los niveles de relación entre subespecies, grupos e individuos.

Historia

Aunque el primer microsatélite fue caracterizado en 1984 en la Universidad de Leicester por Weller, Jeffreys y sus colegas como una repetición polimórfica GGAT en el gen de la mioglobina humana , el término "microsatélite" fue introducido más tarde, en 1989, por Litt y Luty. [1] El nombre ADN "satélite" se refiere a la observación temprana de que la centrifugación del ADN genómico en un tubo de ensayo separa una capa prominente de ADN en masa de las capas "satélite" que la acompañan de ADN repetitivo. [5] La creciente disponibilidad de la amplificación del ADN mediante PCR a principios de los años 1990 desencadenó un gran número de estudios que utilizan la amplificación de microsatélites como marcadores genéticos para la medicina forense, para las pruebas de paternidad y para la clonación posicional para encontrar el gen subyacente a un rasgo. o enfermedad. Las primeras aplicaciones destacadas incluyen la identificación mediante genotipado de microsatélites de los restos esqueléticos de ocho años de edad de una víctima de asesinato británica ( Hagelberg et al. 1991) y del médico del campo de concentración de Auschwitz, Josef Mengele , que escapó a América del Sur después de la Segunda Guerra Mundial ( Jeffreys y cols. 1992). [1]

Estructuras, ubicaciones y funciones.

Un microsatélite es un conjunto de motivos de ADN repetidos en tándem (es decir, adyacentes) que varían en longitud de uno a seis o hasta diez nucleótidos (la definición exacta y la delimitación de los minisatélites más largos varían de un autor a otro), [1] [6] y normalmente se repiten entre 5 y 50 veces. Por ejemplo, la secuencia TATATATATA es un microsatélite de dinucleótidos y GTCGTCGTCGTCGTC es un microsatélite de trinucleótidos (siendo A adenina , G guanina , C citosina y T timina ). Las unidades repetidas de cuatro y cinco nucleótidos se denominan motivos tetra y pentanucleótidos, respectivamente. La mayoría de los eucariotas tienen microsatélites, con la notable excepción de algunas especies de levaduras. Los microsatélites están distribuidos por todo el genoma. [7] [1] [8] El genoma humano, por ejemplo, contiene entre 50.000 y 100.000 microsatélites de dinucleótidos y un número menor de microsatélites de tri, tetra y pentanucleótidos. [9] Muchos están ubicados en partes no codificantes del genoma humano y, por lo tanto, no producen proteínas, pero también pueden ubicarse en regiones reguladoras y regiones codificantes .

Los microsatélites en regiones no codificantes pueden no tener ninguna función específica y, por lo tanto, no pueden ser seleccionados ; esto les permite acumular mutaciones sin obstáculos a lo largo de las generaciones y da lugar a una variabilidad que puede utilizarse con fines de identificación y toma de huellas dactilares del ADN. Otros microsatélites están ubicados en regiones reguladoras flanqueantes o intrónicas de genes, o directamente en codones de genes; en tales casos, las mutaciones de microsatélites pueden provocar cambios fenotípicos y enfermedades, en particular en enfermedades de expansión de tripletes como el síndrome de X frágil y la enfermedad de Huntington . [10]

Los telómeros son secuencias lineales de ADN que se encuentran en los extremos de los cromosomas y protegen la integridad del material genómico (similar a un herrete en la punta de un cordón de zapato) durante rondas sucesivas de división celular debido al "problema de replicación final". [6] En los glóbulos blancos, se ha demostrado que el acortamiento gradual del ADN telomérico se correlaciona inversamente con el envejecimiento en varios tipos de muestras. [11] Los telómeros consisten en ADN repetitivo, con el motivo repetido de hexanucleótido TTAGGG en los vertebrados. [ cita requerida ] Por lo tanto, se clasifican como minisatélites . De manera similar, los insectos tienen motivos repetidos más cortos en sus telómeros que podrían considerarse microsatélites. [ cita necesaria ]

Mecanismos de mutación y tasas de mutación.

Deslizamiento de la cadena de ADN durante la replicación de un locus STR. Los cuadros simbolizan unidades de ADN repetitivas. Las flechas indican la dirección en la que se replica una nueva cadena de ADN (cuadros blancos) a partir de la cadena plantilla (cuadros negros). Se representan tres situaciones durante la replicación del ADN. (a) La replicación del locus STR se ha realizado sin mutación. (b) La replicación del locus STR ha dado lugar a una ganancia de una unidad debido a un bucle en la nueva hebra; el bucle aberrante se estabiliza mediante unidades flanqueantes complementarias al hilo opuesto. (c) La replicación del locus STR ha provocado la pérdida de una unidad debido a un bucle en la cadena plantilla. (Forster et al.2015)

A diferencia de las mutaciones puntuales , que afectan a un solo nucleótido, las mutaciones microsatélite conducen a la ganancia o pérdida de una unidad repetitiva completa y, a veces, de dos o más repeticiones simultáneamente. Por lo tanto, se espera que la tasa de mutación en los loci de microsatélites difiera de otras tasas de mutación, como las tasas de sustitución de bases. [12] [13] La tasa de mutación en los loci de microsatélites depende de la secuencia del motivo repetido, el número de unidades del motivo repetido y la pureza de la secuencia repetida canónica. [14] Se han revisado una variedad de mecanismos para la mutación de loci de microsatélites, [14] [15] y se ha cuantificado su naturaleza polimórfica resultante. [16] Se debate la causa real de las mutaciones en los microsatélites.

Una causa propuesta de tales cambios de longitud es el deslizamiento de replicación, causado por desajustes entre las cadenas de ADN mientras se replican durante la meiosis . [17] La ​​ADN polimerasa , la enzima responsable de leer el ADN durante la replicación, puede deslizarse mientras se mueve a lo largo de la cadena plantilla y continuar en el nucleótido incorrecto. Es más probable que se produzca un deslizamiento de la ADN polimerasa cuando se replica una secuencia repetitiva (como CGGCCG). Debido a que los microsatélites constan de secuencias repetitivas, la ADN polimerasa puede cometer errores a un ritmo mayor en estas regiones de secuencia. Varios estudios han encontrado evidencia de que el deslizamiento es la causa de las mutaciones de los microsatélites. [18] [19] Normalmente, el deslizamiento en cada microsatélite ocurre aproximadamente una vez cada 1.000 generaciones. [20] Por lo tanto, los cambios de deslizamiento en el ADN repetitivo son tres órdenes de magnitud más comunes que las mutaciones puntuales en otras partes del genoma. [21] La mayoría de los deslizamientos resultan en un cambio de solo una unidad repetida, y las tasas de deslizamiento varían para diferentes longitudes de alelos y tamaños de unidades repetidas, [3] y dentro de diferentes especies. [22] [23] [24] Si hay una gran diferencia de tamaño entre los alelos individuales, entonces puede haber una mayor inestabilidad durante la recombinación en la meiosis. [21]

Otra posible causa de mutaciones de microsatélites son las mutaciones puntuales, en las que sólo un nucleótido se copia incorrectamente durante la replicación. Un estudio que comparó los genomas humanos y de primates encontró que la mayoría de los cambios en el número de repeticiones en microsatélites cortos aparecen debido a mutaciones puntuales más que a un deslizamiento. [25]

Tasas de mutación de microsatélites

Se han realizado estimaciones directas de las tasas de mutación de microsatélites en numerosos organismos, desde insectos hasta humanos. En la langosta del desierto Schistocerca gregaria , la tasa de mutación de microsatélites se estimó en 2,1 × 10 −4 por generación por locus. [26] La tasa de mutación de microsatélites en líneas germinales masculinas humanas es de cinco a seis veces mayor que en las líneas germinales femeninas y oscila entre 0 y 7 × 10 −3 por locus por gameto por generación. [3] En el nematodo Pristionchus pacificus , la tasa de mutación estimada de microsatélites varía de 8,9 × 10 −5 a 7,5 × 10 −4 por locus por generación. [27]

Las tasas de mutación de microsatélites varían según la posición de la base en relación con el microsatélite, el tipo de repetición y la identidad de la base. [25] La tasa de mutación aumenta específicamente con el número de repeticiones, alcanzando un máximo entre seis y ocho repeticiones y luego disminuyendo nuevamente. [25] El aumento de la heterocigosidad en una población también aumentará las tasas de mutación de microsatélites, [28] especialmente cuando hay una gran diferencia de longitud entre los alelos. Es probable que esto se deba a que los cromosomas homólogos con brazos de longitudes desiguales causan inestabilidad durante la meiosis. [29]

Efectos biológicos de las mutaciones de microsatélites.

Muchos microsatélites están ubicados en ADN no codificante y son biológicamente silenciosos. Otros se encuentran en el ADN regulador o incluso codificante  ; en tales casos, las mutaciones de microsatélites pueden provocar cambios fenotípicos y enfermedades. Un estudio de todo el genoma estima que la variación de microsatélites contribuye entre el 10 y el 15% de la variación de la expresión genética hereditaria en humanos. [30] [16]

Efectos sobre las proteínas

En los mamíferos, entre el 20 y el 40% de las proteínas contienen secuencias repetidas de aminoácidos codificadas por repeticiones de secuencias cortas. [31] La mayoría de las repeticiones de secuencias cortas dentro de las porciones del genoma que codifican proteínas tienen una unidad repetitiva de tres nucleótidos, ya que esa longitud no provocará cambios de marco al mutar. [32] Cada secuencia repetida de trinucleótidos se transcribe en una serie repetida del mismo aminoácido. En las levaduras, los aminoácidos repetidos más comunes son la glutamina, el ácido glutámico, la asparagina, el ácido aspártico y la serina.

Las mutaciones en estos segmentos repetidos pueden afectar las propiedades físicas y químicas de las proteínas, con el potencial de producir cambios graduales y predecibles en la acción de las proteínas. [33] Por ejemplo, los cambios de longitud en regiones que se repiten en tándem en el gen Runx2 conducen a diferencias en la longitud facial en perros domesticados ( Canis familiaris ), con una asociación entre longitudes de secuencia más largas y caras más largas. [34] Esta asociación también se aplica a una gama más amplia de especies de Carnivora. [35] Los cambios de longitud en los tractos de polialanina dentro del gen HOXA13 están relacionados con el síndrome mano-pie-genital , un trastorno del desarrollo en humanos. [36] Los cambios de longitud en otras repeticiones de tripletes están relacionados con más de 40 enfermedades neurológicas en humanos, en particular trastornos de repeticiones de trinucleótidos como el síndrome del X frágil y la enfermedad de Huntington . [10] Los cambios evolutivos debidos al deslizamiento de la replicación también ocurren en organismos más simples. Por ejemplo, los cambios en la longitud de los microsatélites son comunes dentro de las proteínas de la membrana de la superficie de la levadura, lo que proporciona una rápida evolución en las propiedades celulares. [37] Específicamente, los cambios de longitud en el gen FLO1 controlan el nivel de adhesión a los sustratos. [38] Las repeticiones de secuencias cortas también proporcionan cambios evolutivos rápidos en las proteínas de superficie en bacterias patogénicas; esto puede permitirles mantenerse al día con los cambios inmunológicos en sus huéspedes. [39] Los cambios de longitud en repeticiones de secuencias cortas en un hongo ( Neurospora crassa ) controlan la duración de sus ciclos de reloj circadiano . [40]

Efectos sobre la regulación genética.

Los cambios de longitud de los microsatélites dentro de los promotores y otras regiones reguladoras en cis pueden cambiar la expresión genética rápidamente, entre generaciones. El genoma humano contiene muchas (>16.000) repeticiones de secuencias cortas en regiones reguladoras, que proporcionan "perillas de ajuste" en la expresión de muchos genes. [30] [41]

Los cambios de longitud en los SSR bacterianos pueden afectar la formación de fimbrias en Haemophilus influenzae , al alterar el espaciado de los promotores. [39] Los microsatélites de dinucleótidos están relacionados con una abundante variación en las regiones de control reguladoras en cis del genoma humano. [41] Los microsatélites en las regiones de control del gen del receptor de vasopresina 1a en los ratones de campo influyen en su comportamiento social y en su nivel de monogamia. [42]

En el sarcoma de Ewing (un tipo de cáncer de huesos doloroso en humanos jóvenes), una mutación puntual ha creado un microsatélite GGAA extendido que se une a un factor de transcripción, que a su vez activa el gen EGR2 que impulsa el cáncer. [43] Además, otros microsatélites GGAA pueden influir en la expresión de genes que contribuyen al resultado clínico de los pacientes con sarcoma de Ewing. [44]

Efectos dentro de los intrones

Los microsatélites dentro de los intrones también influyen en el fenotipo, por medios que actualmente no se comprenden. Por ejemplo, una expansión del triplete GAA en el primer intrón del gen X25 parece interferir con la transcripción y causa la ataxia de Friedreich . [45] Las repeticiones en tándem en el primer intrón del gen de la asparagina sintetasa están relacionadas con la leucemia linfoblástica aguda. [46] Un polimorfismo repetido en el cuarto intrón del gen NOS3 está relacionado con la hipertensión en una población tunecina. [47] Las longitudes de repetición reducidas en el gen EGFR están relacionadas con los osteosarcomas. [48]

Se sabe que una forma arcaica de empalme conservada en el pez cebra utiliza secuencias de microsatélites dentro del ARNm intrónico para la eliminación de intrones en ausencia de U2AF2 y otra maquinaria de empalme. Se teoriza que estas secuencias forman configuraciones de hoja de trébol altamente estables que acercan los sitios de empalme de los intrones 3' y 5', reemplazando efectivamente el espliceosoma . Se cree que este método de empalme de ARN divergió de la evolución humana en la formación de los tetrápodos y representa un artefacto de un mundo de ARN . [49]

Efectos dentro de los transposones

Casi el 50% del genoma humano está contenido en varios tipos de elementos transponibles (también llamados transposones o "genes saltarines"), y muchos de ellos contienen ADN repetitivo. [50] Es probable que las repeticiones de secuencias cortas en esas ubicaciones también estén involucradas en la regulación de la expresión genética. [51]

Aplicaciones

Los microsatélites se utilizan para evaluar las deleciones de ADN cromosómico en el diagnóstico del cáncer. Los microsatélites se utilizan ampliamente para la elaboración de perfiles de ADN , también conocidos como "huellas genéticas", de manchas de delitos (en medicina forense) y de tejidos (en pacientes trasplantados). También se utilizan ampliamente en análisis de parentesco (más comúnmente en pruebas de paternidad). Además, los microsatélites se utilizan para mapear ubicaciones dentro del genoma, específicamente en el análisis de ligamiento genético para localizar un gen o una mutación responsable de un rasgo o enfermedad determinado. Como caso especial de mapeo, se pueden utilizar para estudios de duplicación o deleción de genes . Los investigadores utilizan microsatélites en genética de poblaciones y en proyectos de conservación de especies. Los genetistas vegetales han propuesto el uso de microsatélites para la selección asistida por marcadores de rasgos deseables en el fitomejoramiento.

Diagnóstico de cáncer

En las células tumorales , cuyos controles de replicación están dañados, se pueden ganar o perder microsatélites con una frecuencia especialmente alta durante cada ronda de mitosis . Por lo tanto, una línea de células tumorales podría mostrar una huella genética diferente a la del tejido huésped y, especialmente en el cáncer colorrectal , podría presentarse con una pérdida de heterocigosidad . [52] [53] Por lo tanto, los microsatélites analizados en tejido primario se han utilizado de forma rutinaria en el diagnóstico del cáncer para evaluar la progresión del tumor. [54] [55] [56] Los estudios de asociación de todo el genoma (GWAS) se han utilizado para identificar biomarcadores de microsatélites como fuente de predisposición genética en una variedad de cánceres. [57] [58] [59]

Un perfil de STR humano parcial obtenido utilizando el kit Applied Biosystems Identifiler

Toma de huellas dactilares médica y forense

El análisis de microsatélites se hizo popular en el campo de la ciencia forense en la década de 1990. [60] Se utiliza para la toma de huellas genéticas de individuos cuando permite la identificación forense (por lo general, hacer coincidir una mancha de delito con una víctima o un perpetrador). También se utiliza para el seguimiento de pacientes con trasplante de médula ósea . [61]

Los microsatélites que se utilizan hoy en día para el análisis forense son todos repeticiones de tetra o pentanucleótidos, ya que proporcionan un alto grado de datos sin errores y al mismo tiempo son lo suficientemente cortos como para sobrevivir a la degradación en condiciones no ideales. Incluso las secuencias repetidas más cortas tenderían a sufrir artefactos como la tartamudez de la PCR y la amplificación preferencial, mientras que las secuencias repetidas más largas sufrirían más la degradación ambiental y se amplificarían peor mediante la PCR . [62] Otra consideración forense es que se debe respetar la privacidad médica de la persona , de modo que se elijan STR forenses que no sean codificantes, no influyan en la regulación genética y que generalmente no sean STR de trinucleótidos que podrían estar involucrados en enfermedades de expansión de tripletes como Enfermedad de Huntington . Los perfiles STR forenses se almacenan en bancos de datos de ADN como la base de datos nacional de ADN del Reino Unido (NDNAD), el CODIS estadounidense o el NCIDD australiano.

Análisis de parentesco (prueba de paternidad)

Los microsatélites autosómicos se utilizan ampliamente para elaborar perfiles de ADN en análisis de parentesco (más comúnmente en pruebas de paternidad). [63] Los Y-STR (microsatélites en el cromosoma Y ) heredados del padre se utilizan a menudo en pruebas de ADN genealógico .

Análisis de ligamiento genético.

Durante la década de 1990 y los primeros años de este milenio, los microsatélites fueron los marcadores genéticos caballos de batalla para escaneos de todo el genoma para localizar cualquier gen responsable de un fenotipo o enfermedad determinado, utilizando observaciones de segregación a lo largo de generaciones de un pedigrí muestreado. Aunque el aumento de plataformas de polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) de mayor rendimiento y rentables condujo a la era de los SNP para escaneos del genoma, los microsatélites siguen siendo medidas altamente informativas de la variación genómica para estudios de ligamiento y asociación. Su ventaja continua radica en su mayor diversidad alélica que los SNP bialélicos, por lo que los microsatélites pueden diferenciar alelos dentro de un bloque de interés de desequilibrio de enlace definido por SNP. Así, los microsatélites han permitido descubrir genes de la diabetes tipo 2 ( TCF7L2 ) y del cáncer de próstata (la región 8q21). [6] [64]

Genética de poblaciones

Árbol de unión de vecinos de consenso de 249 poblaciones humanas y seis poblaciones de chimpancés. Creado en base a 246 marcadores de microsatélites. [sesenta y cinco]

Los microsatélites se popularizaron en genética de poblaciones durante la década de 1990 porque a medida que la PCR se volvió omnipresente en los laboratorios, los investigadores pudieron diseñar cebadores y amplificar conjuntos de microsatélites a bajo costo. Sus usos son muy variados. [66] Un microsatélite con una historia evolutiva neutral lo hace aplicable para medir o inferir cuellos de botella , [67] la adaptación local , [68] el índice de fijación alélica (F ST ), [69] el tamaño de la población , [70] y el flujo de genes . [71] A medida que la secuenciación de próxima generación se vuelve más asequible, el uso de microsatélites ha disminuido; sin embargo, siguen siendo una herramienta crucial en el campo. [72]

Mejoramiento vegetal

La selección asistida por marcadores o selección asistida por marcadores (MAS) es un proceso de selección indirecta en el que se selecciona un rasgo de interés en función de un marcador ( variación morfológica , bioquímica o de ADN / ARN ) vinculado a un rasgo de interés (por ejemplo, productividad, resistencia a enfermedades, estrés). tolerancia y calidad), más que en el rasgo en sí. Se ha propuesto el uso de microsatélites como marcadores para ayudar al fitomejoramiento. [73]

Análisis

Análisis de repetición corta en tándem (STR) en un modelo simplificado que utiliza la reacción en cadena de la polimerasa (PCR): primero, una muestra de ADN se somete a una PCR con cebadores dirigidos a ciertos STR (que varían en longitud entre los individuos y sus alelos ). Los fragmentos resultantes se separan por tamaño (como en la electroforesis ). [74]

El ADN repetitivo no se analiza fácilmente con los métodos de secuenciación de ADN de próxima generación , ya que algunas tecnologías tienen dificultades con los tractos homopoliméricos . Se han creado una variedad de enfoques de software para el análisis o lecturas de secuenciación de ADN nextgen sin procesar para determinar el genotipo y las variantes en loci repetitivos. [75] [76] Los microsatélites se pueden analizar y verificar mediante amplificación por PCR establecida y determinación del tamaño del amplicón, a veces seguidas por la secuenciación del ADN de Sanger .

En medicina forense, el análisis se realiza extrayendo ADN nuclear de las células de una muestra de interés y luego amplificando regiones polimórficas específicas del ADN extraído mediante la reacción en cadena de la polimerasa . Una vez amplificadas estas secuencias, se resuelven ya sea mediante electroforesis en gel o electroforesis capilar , lo que permitirá al analista determinar cuántas repeticiones de la secuencia de microsatélites en cuestión hay. Si el ADN se resolvió mediante electroforesis en gel, el ADN se puede visualizar mediante tinción con plata (baja sensibilidad, seguro y económico), o con un tinte intercalante como el bromuro de etidio (bastante sensible, riesgos moderados para la salud, económico), o como la mayoría de los modernos. Uso de laboratorios forenses, tintes fluorescentes (altamente sensibles, seguros y costosos). [77] Los instrumentos construidos para resolver fragmentos de microsatélites mediante electroforesis capilar también utilizan tintes fluorescentes. [77] Los perfiles forenses se almacenan en los principales bancos de datos. La base de datos británica para la identificación de loci de microsatélites se basó originalmente en el sistema británico SGM+ [78] [79] utilizando 10 loci y un marcador de sexo . Los estadounidenses [80] aumentaron este número a 13 loci. [81] La base de datos australiana se llama NCIDD y desde 2013 ha estado utilizando 18 marcadores centrales para la elaboración de perfiles de ADN. [60]

Amplificación

Los microsatélites se pueden amplificar para su identificación mediante el proceso de reacción en cadena de la polimerasa (PCR), utilizando secuencias únicas de regiones flanqueantes como cebadores . El ADN se desnaturaliza repetidamente a alta temperatura para separar la doble hebra y luego se enfría para permitir la hibridación de los cebadores y la extensión de las secuencias de nucleótidos a través del microsatélite. Este proceso da como resultado la producción de suficiente ADN para ser visible en geles de agarosa o poliacrilamida ; sólo se necesitan pequeñas cantidades de ADN para la amplificación porque de esta manera el termociclado crea un aumento exponencial en el segmento replicado. [82] Con la abundancia de la tecnología de PCR, los cebadores que flanquean los loci de microsatélites son simples y rápidos de usar, pero el desarrollo de cebadores que funcionen correctamente es a menudo un proceso tedioso y costoso.

Varias muestras de ADN de especímenes de Littorina plena se amplificaron mediante la reacción en cadena de la polimerasa con cebadores dirigidos a un locus de repetición de secuencia simple variable (SSR, también conocido como microsatélite). Las muestras se procesaron en un gel de poliacrilamida al 5% y se visualizaron mediante tinción con plata.

Diseño de cebadores de microsatélites.

Si se buscan marcadores de microsatélites en regiones específicas de un genoma, por ejemplo dentro de un intrón particular , los cebadores se pueden diseñar manualmente. Esto implica buscar repeticiones de microsatélites en la secuencia de ADN genómico, lo que se puede hacer a simple vista o utilizando herramientas automatizadas como el enmascarador de repeticiones. Una vez que se determinan los microsatélites potencialmente útiles, las secuencias flanqueantes se pueden usar para diseñar cebadores oligonucleotídicos que amplificarán la repetición de microsatélite específica en una reacción de PCR.

Se pueden desarrollar cebadores de microsatélites aleatorios clonando segmentos aleatorios de ADN de las especies focales. Estos segmentos aleatorios se insertan en un plásmido o vector bacteriófago , que a su vez se implanta en la bacteria Escherichia coli . Luego se desarrollan las colonias y se analizan con secuencias de oligonucleótidos marcadas con fluorescencia que se hibridarán con una repetición de microsatélite, si está presente en el segmento de ADN. Si se pueden obtener clones positivos mediante este procedimiento, se secuencia el ADN y se eligen cebadores de PCR de las secuencias que flanquean dichas regiones para determinar un locus específico . Este proceso implica importantes pruebas y errores por parte de los investigadores, ya que las secuencias repetidas de microsatélites deben predecirse y los cebadores que se aíslan aleatoriamente pueden no mostrar un polimorfismo significativo. [21] [83] Los loci microsatélites están ampliamente distribuidos en todo el genoma y pueden aislarse a partir de ADN semidegradado de muestras más antiguas, ya que todo lo que se necesita es un sustrato adecuado para la amplificación mediante PCR.

Las técnicas más recientes implican el uso de secuencias de oligonucleótidos que consisten en repeticiones complementarias de las repeticiones en el microsatélite para "enriquecer" el ADN extraído ( enriquecimiento de microsatélite ). La sonda oligonucleotídica se hibrida con la repetición en el microsatélite y luego el complejo sonda/microsatélite se extrae de la solución. Luego, el ADN enriquecido se clona normalmente, pero la proporción de éxitos ahora será mucho mayor, lo que reducirá drásticamente el tiempo necesario para desarrollar las regiones para su uso. Sin embargo, determinar qué sondas utilizar puede ser en sí mismo un proceso de prueba y error. [84]

ISSR-PCR

ISSR (para repetición de secuencia intersimple ) es un término general para una región del genoma entre loci de microsatélites. Las secuencias complementarias de dos microsatélites vecinos se utilizan como cebadores de PCR; la región variable entre ellos se amplifica. La duración limitada de los ciclos de amplificación durante la PCR evita la replicación excesiva de secuencias de ADN contiguas demasiado largas, por lo que el resultado será una mezcla de una variedad de cadenas de ADN amplificadas que generalmente son cortas pero varían mucho en longitud.

Las secuencias amplificadas por ISSR-PCR se pueden utilizar para la toma de huellas dactilares de ADN. Dado que una ISSR puede ser una región conservada o no conservada, esta técnica no es útil para distinguir individuos, sino más bien para análisis filogeográficos o quizás para delimitar especies ; La diversidad de secuencias es menor que en SSR-PCR, pero aún mayor que en las secuencias de genes reales. Además, la secuenciación por microsatélites y la secuenciación ISSR se ayudan mutuamente, ya que una produce cebadores para la otra.

Limitaciones

El ADN repetitivo no se analiza fácilmente con los métodos de secuenciación de ADN de próxima generación , que tienen problemas con los tractos homopoliméricos. [85] Por lo tanto, los microsatélites normalmente se analizan mediante amplificación por PCR convencional y determinación del tamaño del amplicón. El uso de PCR significa que el análisis de longitud de microsatélites es propenso a limitaciones de PCR como cualquier otro locus de ADN amplificado por PCR. Una preocupación particular es la aparición de ' alelos nulos ':

Ver también

Referencias

  1. ^ abcde Richard GF; Kerrest A; Dujon B (diciembre de 2008). "Genómica comparada y dinámica molecular de repeticiones de ADN en eucariotas". Reseñas de Microbiología y Biología Molecular . 72 (4): 686–727. doi :10.1128/MMBR.00011-08. PMC  2593564 . PMID  19052325.
  2. ^ Tóth G, Gáspári Z, Jurka J (julio de 2000). "Microsatélites en diferentes genomas eucariotas: estudio y análisis". Investigación del genoma . 10 (7): 967–981. doi :10.1101/gr.10.7.967. PMC 310925 . PMID  10899146. 
  3. ^ abc Brinkmann B, Klintschar M, Neuhuber F, Hühne J, Rolf B (junio de 1998). "Tasa de mutación en microsatélites humanos: influencia de la estructura y duración de la repetición en tándem". Revista Estadounidense de Genética Humana . 62 (6): 1408–15. doi :10.1086/301869. PMC 1377148 . PMID  9585597. 
  4. ^ Corto + Tándem + Repetición en los títulos de materias médicas (MeSH) de la Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU.
  5. ^ ab Kit S (diciembre de 1961). "Sedimentación de equilibrio en gradientes de densidad de preparaciones de ADN de tejidos animales". Revista de biología molecular . 3 (6): 711–6. doi :10.1016/S0022-2836(61)80075-2. PMID  14456492.
  6. ^ abc Lu W, Zhang Y, Liu D, Songyang Z, Wan M (enero de 2013). "Telomeros: estructura, función y regulación". Investigación con células experimentales . 319 (2): 133-141. doi :10.1016/j.yexcr.2012.09.005. PMC 4051234 . PMID  23006819. 
  7. ^ Rey DG, Soller M, Kashi Y (1997). "Perillas de afinación evolutivas". Empeño . 21 (1): 36–40. doi :10.1016/S0160-9327(97)01005-3.
  8. ^ Chistiakov DA, Hellemans B, Volckaert FA (31 de mayo de 2006). "Microsatélites y su distribución genómica, evolución, función y aplicaciones: una revisión con especial referencia a la genética de peces". Acuicultura . 255 (1–4): 1–29. Código Bib : 2006Aquac.255....1C. doi :10.1016/j.aquaculture.2005.11.031.
  9. ^ Turnpenny P, Ellard S (2005). Elementos de genética médica de Emery (12ª ed.). Londres: Elsevier. ISBN 9780443100451.
  10. ^ ab Pearson CE, Nichol Edamura K, Cleary JD (octubre de 2005). "Reinestabilidad repetida: mecanismos de mutaciones dinámicas". Reseñas de la naturaleza. Genética . 6 (10): 729–42. doi :10.1038/nrg1689. PMID  16205713. S2CID  26672703.
  11. ^ Goldman EA, Eick GN, Compton D, Kowal P, Snodgrass JJ, Eisenberg DT, Sterner KN (enero de 2018). "Evaluación de métodos de recolección de muestras mínimamente invasivos para medir la longitud de los telómeros". Revista Estadounidense de Biología Humana . 30 (1): e23062. doi :10.1002/ajhb.23062. PMC 5785450 . PMID  28949426. 
  12. ^ Jeffreys AJ ; Wilson V; Thein SL (1985). " Regiones 'minisatélites' hipervariables en el ADN humano". Naturaleza . 314 (6006): 67–73. Código Bib :1985Natur.314...67J. doi :10.1038/314067a0. PMID  3856104. S2CID  4356170.
  13. ^ Andreassen R, Egeland T, Olaisen B (agosto de 1996). "La tasa de mutación en el hipervariable VNTR g3 (D7S22) se ve afectada por la longitud del alelo y un polimorfismo de la secuencia de ADN flanqueante cerca de la matriz de repetición". Revista Estadounidense de Genética Humana . 59 (2): 360–367. PMC 1914730 . PMID  8755922. 
  14. ^ ab Wells RD (febrero de 1996). "Base molecular de la inestabilidad genética de repeticiones tripletes". La Revista de Química Biológica . 271 (6): 2875–2878. doi : 10.1074/jbc.271.6.2875 . PMID  8621672.
  15. ^ Hancock JM, Santibáñez-Koref MF (octubre de 1998). "Enfermedades por expansión de trinucleótidos en el contexto de la evolución de micro y minisatélites, Hammersmith Hospital, 1 al 3 de abril de 1998". La Revista EMBO . 17 (19): 5521–5524. doi : 10.1093/emboj/17.19.5521. PMC 1170879 . PMID  9755151. 
  16. ^ ab Wren JD, Forgacs E, Fondon JW, Pertsemlidis A, Cheng SY, Gallardo T, et al. (Agosto de 2000). "Repetir polimorfismos dentro de regiones genéticas: implicaciones fenotípicas y evolutivas". Revista Estadounidense de Genética Humana . 67 (2): 345–356. doi :10.1086/303013. PMC 1287183 . PMID  10889045. 
  17. ^ Tautz D (diciembre de 1994). "Secuencias simples". Opinión actual en genética y desarrollo . 4 (6): 832–7. doi :10.1016/0959-437X(94)90067-1. PMID  7888752.
  18. ^ Klintschar M, Dauber EM, Ricci U, Cerri N, Immel UD, Kleiber M, Mayr WR (octubre de 2004). "Los estudios de haplotipos respaldan el deslizamiento como mecanismo de mutaciones de la línea germinal en repeticiones cortas en tándem". Electroforesis . 25 (20): 3344–8. doi :10.1002/elps.200406069. PMID  15490457. S2CID  22298567.
  19. ^ Forster P, Hohoff C, Dunkelmann B, Schürenkamp M, Pfeiffer H, Neuhuber F, Brinkmann B (marzo de 2015). "Elevada tasa de mutación de la línea germinal en padres adolescentes". Actas. Ciencias Biologicas . 282 (1803): 20142898. doi :10.1098/rspb.2014.2898. PMC 4345458 . PMID  25694621. 
  20. ^ Weber JL, Wong C (agosto de 1993). "Mutación de repeticiones cortas en tándem humanas". Genética Molecular Humana . 2 (8): 1123–8. doi : 10.1093/hmg/2.8.1123 . PMID  8401493.
  21. ^ abcd Jarne P, Lagoda PJ (octubre de 1996). "Microsatélites, de moléculas a poblaciones y viceversa". Tendencias en ecología y evolución . 11 (10): 424–9. doi :10.1016/0169-5347(96)10049-5. PMID  21237902.
  22. ^ Kruglyak S, Durrett RT, Schug MD, Aquadro CF (septiembre de 1998). "Distribuciones de equilibrio de la longitud de repetición de microsatélites resultantes de un equilibrio entre eventos de deslizamiento y mutaciones puntuales". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 95 (18): 10774–8. Código bibliográfico : 1998PNAS...9510774K. doi : 10.1073/pnas.95.18.10774 . PMC 27971 . PMID  9724780. 
  23. ^ Laidlaw J, Gelfand Y, Ng KW, Garner HR, Ranganathan R, Benson G, Fondon JW (1 de julio de 2007). "Tasas elevadas de mutación por deslizamiento basal entre los Canidae". La revista de la herencia . 98 (5): 452–460. doi : 10.1093/jhered/esm017 . PMID  17437958.
  24. ^ Lian Y, Garner HR (abril de 2005). "Evidencia de la regulación del empalme alternativo mediante repeticiones de secuencias de ADN complementarias". Bioinformática . 21 (8): 1358-1364. doi : 10.1093/bioinformática/bti180 . PMID  15673565.
  25. ^ abc Amos W (septiembre de 2010). "Sesgos de mutación y variación de la tasa de mutación alrededor de microsatélites humanos muy cortos revelados por alineaciones de secuencias genómicas humano-chimpancé-orangután". Revista de evolución molecular . 71 (3): 192-201. Código Bib : 2010JMolE..71..192A. doi :10.1007/s00239-010-9377-4. PMID  20700734. S2CID  1424625.
  26. ^ Chapuis MP, Plantamp C, Streiff R, Blondin L, Piou C (diciembre de 2015). "La tasa y patrón de evolución de microsatélites en Schistocerca gregaria se infieren a partir de la observación directa de mutaciones de la línea germinal". Ecología Molecular . 24 (24): 6107–19. Código Bib : 2015 MolEc..24.6107C. doi : 10.1111/mec.13465 . PMID  26562076. S2CID  33307624.
  27. ^ Molnar RI, Witte H, Dinkelacker I, Villate L, Sommer RJ (septiembre de 2012). "Patrones de repetición en tándem y tasas de mutación en microsatélites del organismo modelo nematodo Pristionchus pacificus". G3 . 2 (9): 1027–34. doi :10.1534/g3.112.003129. PMC 3429916 . PMID  22973539. 
  28. ^ Amós W (enero de 2016). "La heterocigosidad aumenta la tasa de mutación de microsatélites". Cartas de biología . 12 (1): 20150929. doi :10.1098/rsbl.2015.0929. PMC 4785931 . PMID  26740567. 
  29. ^ Amos W, Sawcer SJ, Feakes RW, Rubinsztein DC (agosto de 1996). "Los microsatélites muestran sesgo mutacional e inestabilidad heterocigota". Genética de la Naturaleza . 13 (4): 390–1. doi :10.1038/ng0896-390. PMID  8696328. S2CID  6086527.
  30. ^ ab Gymrek M, Willems T, Guilmatre A, Zeng H, Markus B, Georgiev S, et al. (Enero de 2016). "Abundante contribución de repeticiones cortas en tándem a la variación de la expresión genética en humanos". Genética de la Naturaleza . 48 (1): 22-29. doi :10.1038/ng.3461. PMC 4909355 . PMID  26642241. 
  31. ^ Marcotte EM, Pellegrini M, Yeates TO, Eisenberg D (octubre de 1999). "Un censo de repeticiones de proteínas". Revista de biología molecular . 293 (1): 151–60. doi :10.1006/jmbi.1999.3136. PMID  10512723. S2CID  11102561.
  32. ^ Sutherland GR , Richards RI (abril de 1995). "Repeticiones de ADN en tándem simples y enfermedades genéticas humanas". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 92 (9): 3636–41. Código bibliográfico : 1995PNAS...92.3636S. doi : 10.1073/pnas.92.9.3636 . PMC 42017 . PMID  7731957. 
  33. ^ Hancock JM, Simon M (enero de 2005). "Repeticiones de secuencias simples en proteínas y su importancia para la evolución de la red". Gen.​ 345 (1): 113–8. doi :10.1016/j.gene.2004.11.023. PMID  15716087.
  34. ^ Fondon JW, Garner HR (diciembre de 2004). "Orígenes moleculares de evolución morfológica rápida y continua". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 101 (52): 18058–63. Código Bib : 2004PNAS..10118058F. doi : 10.1073/pnas.0408118101 . PMC 539791 . PMID  15596718. 
  35. ^ Sears KE, Goswami A, Flynn JJ, Niswander LA (2007). "La evolución correlacionada de las repeticiones en tándem de Runx2, la actividad transcripcional y la longitud facial en carnívoros". Evolución y desarrollo . 9 (6): 555–65. doi :10.1111/j.1525-142X.2007.00196.x. PMID  17976052. S2CID  26718314.
  36. ^ Utsch B, Becker K, Brock D, Lentze MJ, Bidlingmaier F, Ludwig M (mayo de 2002). "Una nueva expansión estable de polialanina [poli (A)] en el gen HOXA13 asociada con el síndrome mano-pie-genital: ¿la función adecuada de los factores de transcripción que albergan poli (A) depende de una longitud de repetición crítica?". Genética Humana . 110 (5): 488–94. doi :10.1007/s00439-002-0712-8. PMID  12073020. S2CID  22181414.
  37. ^ Bowen S, Wheals AE (junio de 2006). "Los dominios ricos en Ser/Thr están asociados con la variación genética y la morfogénesis en Saccharomyces cerevisiae". Levadura . 23 (8): 633–40. doi : 10.1002/sí.1381 . PMID  16823884. S2CID  25142061.
  38. ^ Verstrepen KJ, Jansen A, Lewitter F, Fink GR (septiembre de 2005). "Las repeticiones en tándem intragénicas generan variabilidad funcional". Genética de la Naturaleza . 37 (9): 986–90. doi :10.1038/ng1618. PMC 1462868 . PMID  16086015. 
  39. ^ ab Moxon ER, Rainey PB, Nowak MA, Lenski RE (enero de 1994). "Evolución adaptativa de loci altamente mutables en bacterias patógenas". Biología actual . 4 (1): 24–33. Código Bib :1994CBio....4...24M. doi :10.1016/S0960-9822(00)00005-1. PMID  7922307. S2CID  11203457.
  40. ^ Michael TP, Park S, Kim TS, Booth J, Byer A, Sun Q y col. (Agosto de 2007). "Las repeticiones de secuencias simples proporcionan un sustrato para la variación fenotípica en el reloj circadiano de Neurospora crassa". MÁS UNO . 2 (8): e795. Código Bib : 2007PLoSO...2..795M. doi : 10.1371/journal.pone.0000795 . PMC 1949147 . PMID  17726525. 
  41. ^ ab Rockman MV, Wray GA (noviembre de 2002). "Abundante materia prima para la evolución reguladora cis en humanos". Biología Molecular y Evolución . 19 (11): 1991-2004. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a004023 . PMID  12411608.
  42. ^ Hamaca EA, Young LJ (junio de 2005). "La inestabilidad de los microsatélites genera diversidad en el cerebro y en los rasgos socioconductuales". Ciencia . 308 (5728): 1630–4. Código bibliográfico : 2005 Ciencia... 308.1630H. doi : 10.1126/ciencia.1111427. PMID  15947188. S2CID  18899853.
  43. ^ Grünewald TG, Bernard V, Gilardi-Hebenstreit P, Raynal V, Surdez D, Aynaud MM, et al. (Septiembre de 2015). "El quimérico EWSR1-FLI1 regula el gen de susceptibilidad al sarcoma de Ewing EGR2 a través de un microsatélite GGAA". Genética de la Naturaleza . 47 (9): 1073–8. doi :10.1038/ng.3363. PMC 4591073 . PMID  26214589. 
  44. ^ Musa J, Cidre-Aranaz F, Aynaud MM, Orth MF, Knott MM, Mirabeau O, et al. (septiembre de 2019). "La cooperación de los impulsores del cáncer con variantes regulatorias de la línea germinal da forma a los resultados clínicos". Comunicaciones de la naturaleza . 10 (1): 4128. Código bibliográfico : 2019NatCo..10.4128M. doi :10.1038/s41467-019-12071-2. PMC 6739408 . PMID  31511524. 
  45. ^ Bidichandani SI, Ashizawa T, Patel PI (enero de 1998). "La expansión de repetición del triplete GAA en la ataxia de Friedreich interfiere con la transcripción y puede estar asociada con una estructura de ADN inusual". Revista Estadounidense de Genética Humana . 62 (1): 111–21. doi :10.1086/301680. PMC 1376805 . PMID  9443873. 
  46. ^ Akagi T, Yin D, Kawamata N, Bartram CR, Hofmann WK, Song JH, et al. (Julio de 2009). "Análisis funcional de un nuevo polimorfismo de ADN de una secuencia repetida en tándem en el gen de la asparagina sintetasa en células de leucemia linfoblástica aguda". Investigación sobre la leucemia . 33 (7): 991–6. doi :10.1016/j.leukres.2008.10.022. PMC 2731768 . PMID  19054556. 
  47. ^ Jemaa R, Ben Ali S, Kallel A, Feki M, Elasmi M, Taieb SH y otros. (junio de 2009). "Asociación de un polimorfismo repetido de 27 pb en el intrón 4 del gen de la óxido nítrico sintasa constitutivo endotelial con hipertensión en una población tunecina". Bioquímica Clínica . 42 (9): 852–6. doi :10.1016/j.clinbiochem.2008.12.002. PMID  19111531.
  48. ^ Kersting C, Agelopoulos K, Schmidt H, Korsching E, August C, Gosheger G, et al. (Agosto de 2008). "Importancia biológica de una secuencia de CA polimórfica dentro del intrón 1 del gen del receptor del factor de crecimiento epidérmico (EGFR) en osteosarcomas centrales de alto grado". Genes, cromosomas y cáncer . 47 (8): 657–64. doi : 10.1002/gcc.20571 . PMID  18464244. S2CID  19472307.
  49. ^ Lin CL, Taggart AJ, Lim KH, Cygan KJ, Ferraris L, Creton R, et al. (Enero de 2016). "La estructura del ARN reemplaza la necesidad de U2AF2 en el empalme". Investigación del genoma . 26 (1): 12-23. doi :10.1101/gr.181008.114. PMC 4691745 . PMID  26566657. 
  50. ^ Scherer S (2008). Una breve guía sobre el genoma humano . Nueva York: Prensa de la Universidad Cold Spring Harbor.
  51. ^ Tomilin NV (abril de 2008). "Regulación de la expresión de genes de mamíferos mediante retroelementos y repeticiones en tándem no codificantes". Bioensayos . 30 (4): 338–48. doi : 10.1002/bies.20741 . PMID  18348251.
  52. ^ Wistuba II, Behrens C, Virmani AK, Mele G, Milchgrub S, Girard L, et al. (Abril de 2000). "El alelotipo del cromosoma 3p de alta resolución del cáncer de pulmón humano y el epitelio bronquial preneoplásico/preinvasivo revela sitios múltiples y discontinuos de pérdida del alelo 3p y tres regiones de puntos de interrupción frecuentes". Investigación sobre el cáncer . 60 (7): 1949-1960. PMID  10766185.
  53. ^ Forgacs E, Wren JD, Kamibayashi C, Kondo M, Xu XL, Markowitz S, et al. (Febrero de 2001). "Búsqueda de mutaciones de microsatélites en regiones codificantes en cánceres de pulmón, mama, ovario y colorrectal". Oncogén . 20 (8): 1005–1009. doi : 10.1038/sj.onc.1204211 . PMID  11314036. S2CID  22893621.
  54. ^ van Tilborg AA, Kompier LC, Lurkin I, Poort R, El Bouazzaoui S, van der Keur K, et al. (2012). "Selección de marcadores microsatélites para el diagnóstico de cáncer de vejiga sin necesidad de la sangre correspondiente". MÁS UNO . 7 (8): e43345. Código Bib : 2012PLoSO...743345V. doi : 10.1371/journal.pone.0043345 . PMC 3425555 . PMID  22927958. 
  55. ^ Sideris M, Papagrigoriadis S (mayo de 2014). "Biomarcadores moleculares y modelos de clasificación en la evaluación del pronóstico del cáncer colorrectal". Investigación contra el cáncer . 34 (5): 2061–2068. PMID  24778007.
  56. ^ Boland CR, Thibodeau SN, Hamilton SR, Sidransky D, Eshleman JR, Burt RW y otros. (noviembre de 1998). "Un taller del Instituto Nacional del Cáncer sobre inestabilidad de microsatélites para la detección del cáncer y predisposición familiar: desarrollo de criterios internacionales para la determinación de la inestabilidad de microsatélites en el cáncer colorrectal". Investigación sobre el cáncer . 58 (22): 5248–5257. PMID  9823339.
  57. ^ Rivero-Hinojosa S, Kinney N, Garner HR, Rood BR (enero de 2020). "Los genotipos de microsatélites de la línea germinal diferencian a los niños con meduloblastoma". Neurooncología . 22 (1): 152–162. doi :10.1093/neuonc/noz179. PMC 6954392 . PMID  31562520. 
  58. ^ Kinney N, Varghese RT, Anandakrishnan R, Garner HR (2017). "ZDHHC3 como marcador de riesgo y mortalidad del cáncer de mama en mujeres afroamericanas". Informática del cáncer . 16 : 1176935117746644. doi : 10.1177/1176935117746644. PMC 5734450 . PMID  29276372. S2CID  32129259. 
  59. ^ Velmurugan KR, Varghese RT, Fonville NC, Garner HR (noviembre de 2017). "El genotipado de microsatélites de alta profundidad y precisión permite una clasificación precisa del riesgo de cáncer de pulmón". Oncogén . 36 (46): 6383–6390. doi :10.1038/onc.2017.256. PMC 5701090 . PMID  28759038. S2CID  21655592. 
  60. ^ ab Curtis C, Hereward J (29 de agosto de 2017). "De la escena del crimen a la sala del tribunal: el viaje de una muestra de ADN". La conversación .
  61. ^ Antin JH, Childs R, Filipovich AH, Giralt S, Mackinnon S, Spitzer T, Weisdorf D (2001). "Establecimiento de quimerismo de donante completo y mixto después de un trasplante linfohematopoyético alogénico: recomendaciones de un taller en las reuniones en tándem de 2001 del Registro Internacional de Trasplantes de Médula Ósea y la Sociedad Estadounidense de Trasplante de Sangre y Médula". Biología del trasplante de sangre y médula . 7 (9): 473–85. doi : 10.1053/bbmt.2001.v7.pm11669214 . PMID  11669214.
  62. ^ Carracedo A. "Perfiles de ADN". Archivado desde el original el 27 de septiembre de 2001 . Consultado el 20 de septiembre de 2010 .
  63. ^ Lászik A, Brinkmann B, Sótonyi P, Falus A (2000). "Detección fluorescente automatizada de un multiplex de 10 loci para pruebas de paternidad". Acta Biológica Húngara . 51 (1): 99-105. doi :10.1007/BF03542970. PMID  10866366. S2CID  28270630.
  64. ^ Ott J, Wang J, Leal SM (mayo de 2015). "Análisis de ligamiento genético en la era de la secuenciación del genoma completo". Reseñas de la naturaleza. Genética . 16 (5): 275–284. doi :10.1038/nrg3908. PMC 4440411 . PMID  25824869. 
  65. ^ Pemberton TJ, DeGiorgio M, Rosenberg NA (mayo de 2013). "Estructura de la población en un conjunto completo de datos genómicos sobre la variación de microsatélites humanos". G3 . 3 (5): 891–907. doi :10.1534/g3.113.005728. PMC 3656735 . PMID  23550135. 
  66. ^ Manel S, Schwartz MK, Luikart G, Taberlet P (1 de abril de 2003). "Genética del paisaje: combinando ecología del paisaje y genética de poblaciones". Tendencias en ecología y evolución . 18 (4): 189–197. doi :10.1016/S0169-5347(03)00008-9. S2CID  2984426.
  67. ^ Spencer CC, Neigel JE, Leberg PL (octubre de 2000). "Evaluación experimental de la utilidad del ADN de microsatélites para la detección de cuellos de botella demográficos". Ecología Molecular . 9 (10): 1517–28. Código Bib : 2000 MolEc...9.1517S. doi :10.1046/j.1365-294x.2000.01031.x. PMID  11050547. S2CID  22244000.
  68. ^ Nielsen R (1 de enero de 2005). "Firmas moleculares de la selección natural". Revista Anual de Genética . 39 (1): 197–218. doi :10.1146/annurev.genet.39.073003.112420. PMID  16285858. S2CID  3063754.
  69. ^ Slatkin M (enero de 1995). "Una medida de subdivisión de la población basada en frecuencias de alelos de microsatélites". Genética . 139 (1): 457–62. doi :10.1093/genética/139.1.457. PMC 1206343 . PMID  7705646. 
  70. ^ Kohn MH, York EC, Kamradt DA, Haught G, Sauvajot RM, Wayne RK (abril de 1999). "Estimación del tamaño de la población mediante el genotipado de las heces". Actas. Ciencias Biologicas . 266 (1420): 657–63. doi :10.1098/rspb.1999.0686. PMC 1689828 . PMID  10331287. 
  71. ^ Espera L, Taberlet P, Swenson JE, Sandegren F, Franzén R (abril de 2000). "Análisis de microsatélites de ADN nuclear de la diversidad genética y el flujo de genes en el oso pardo escandinavo (Ursus arctos)". Ecología Molecular . 9 (4): 421–31. Código Bib : 2000 MolEc...9..421W. doi :10.1046/j.1365-294x.2000.00892.x. PMID  10736045. S2CID  46475635.
  72. ^ Allendorf FW, Hohenlohe PA, Luikart G (octubre de 2010). "Genómica y el futuro de la genética de la conservación". Reseñas de la naturaleza. Genética . 11 (10): 697–709. doi :10.1038/nrg2844. PMID  20847747. S2CID  10811958.
  73. ^ Miah G, Rafii MY, Ismail MR, Puteh AB, Rahim HA, Islam K, Latif MA (noviembre de 2013). "Una revisión de marcadores microsatélites y sus aplicaciones en programas de mejoramiento de arroz para mejorar la resistencia a la enfermedad". Revista Internacional de Ciencias Moleculares . 14 (11): 22499–528. doi : 10.3390/ijms141122499 . PMC 3856076 . PMID  24240810. 
  74. ^ Imagen de Mikael Häggström, MD, utilizando la siguiente imagen fuente: Figura 1 - disponible mediante licencia: Creative Commons Attribution 4.0 International", del siguiente artículo: Sitnik R, Torres MA, Bacal NS, Rebello Pinho JR (2006). "Usando PCR para el seguimiento molecular del quimerismo postrasplante". Einstein . 4 (2). Sao Paulo - vía ResearchGate.
  75. ^ Halman A; Oshlack A (2020). "Precisión de las herramientas de genotipado de repeticiones cortas en tándem en datos de secuenciación del exoma completo". F1000Investigación . 9 : 200. doi : 10.12688/f1000research.22639.1 . PMC 7327730 . PMID  32665844. S2CID  213733005. 
  76. ^ Rajan-Babu IS, Peng JJ, Chiu R, Li C, Mohajeri A, Dolzhenko E, et al. (septiembre de 2021). "Corrección a: secuenciación de todo el genoma como prueba de detección de primer nivel para expansiones cortas de repeticiones en tándem". Medicina del genoma . 13 (1): 151. doi : 10.1186/s13073-021-00961-4 . PMC 8439056 . PMID  34517885. S2CID  256019433. 
  77. ^ ab "Tecnología para resolver alelos STR" . Consultado el 20 de septiembre de 2010 .
  78. ^ "La base de datos nacional de ADN" (PDF) . Archivado (PDF) desde el original el 13 de octubre de 2010 . Consultado el 20 de septiembre de 2010 .
  79. ^ "Evidencia escrita del Comité Selecto de Ciencia y Tecnología de la Cámara de los Lores" . Consultado el 20 de septiembre de 2010 .
  80. ^ "Loci STR Core CODIS del FBI" . Consultado el 20 de septiembre de 2010 .
  81. ^ Mayordomo JM (2005). Tipificación forense de ADN: biología, tecnología y genética de marcadores STR, segunda edición . Nueva York: Elsevier Academic Press.
  82. ^ Griffiths AJ, Miller JF, Suzuki DT, Lewontin RC, Gelbart WM (1996). Introducción al análisis genético (5ª ed.). Nueva York: WH Freeman.
  83. ^ Queller DC, Strassmann JE, Hughes CR (agosto de 1993). "Microsatélites y parentesco". Tendencias en ecología y evolución . 8 (8): 285–8. doi :10.1016/0169-5347(93)90256-O. PMID  21236170.
  84. ^ Kaukinen KH, Supernault KJ y Miller KM (2004). "Enriquecimiento de loci de microsatélites de tetranucleótidos de especies de invertebrados". Revista de investigación de mariscos . 23 (2): 621.
  85. ^ Tytgat O, Gansemans Y, Weymaere J, Rubben K, Deforce D, Van Nieuwerburgh F (abril de 2020). "La secuenciación de nanoporos de un multiplex STR forense revela loci adecuados para la elaboración de perfiles STR de un solo contribuyente". Genes . 11 (4): 381. doi : 10.3390/genes11040381 . PMC 7230633 . PMID  32244632. S2CID  214786277. 
  86. ^ Dakin EE, Avise JC (noviembre de 2004). "Alelos nulos de microsatélites en análisis de paternidad". Herencia . 93 (5): 504–9. doi : 10.1038/sj.hdy.6800545 . PMID  15292911.

Otras lecturas

enlaces externos