Durante la Guerra Civil estadounidense (1861-1865), ambos bandos del conflicto, pero la Confederación fue la que más notoriamente libró la guerra de guerrillas , que fue cobrando intensidad a medida que la guerra se prolongaba.
La guerra de guerrillas en la Guerra Civil estadounidense siguió los mismos patrones generales de la guerra irregular llevada a cabo en Europa en el siglo XIX . Estructuralmente, se pueden dividir en tres tipos diferentes de operaciones: la llamada "guerra popular", la "guerra partisana" y la "guerra de incursiones". Cada una tenía características distintivas que eran una práctica común durante la guerra.
El concepto de "guerra popular", descrito por primera vez por Clausewitz en su tratado clásico Sobre la guerra , fue el ejemplo más cercano de un movimiento guerrillero de masas en el siglo XIX. En general, durante la Guerra Civil estadounidense, este tipo de guerra irregular se llevó a cabo en el interior de los estados fronterizos ( Misuri , Arkansas , Tennessee , Kentucky y el noroeste de Virginia/Virginia Occidental ). Se caracterizó por una calidad cruel de vecinos que luchaban entre sí mientras se resolvían otros rencores. Era frecuente que los residentes de una parte de un solo condado tomaran las armas contra sus homólogos en el resto de los alrededores. El asalto, el asesinato, el asalto y el terrorismo eran características de este tipo de lucha. Pocos participantes vestían uniformes o estaban formalmente alistados en los ejércitos reales. En muchos casos, civiles luchaban contra civiles o civiles luchaban contra tropas enemigas opuestas.
La guerra partisana, en cambio, se parecía más a las operaciones de comando del siglo XX. Los partisanos eran pequeñas unidades de fuerzas convencionales, controladas y organizadas por una fuerza militar para operaciones tras las líneas enemigas. La Ley de los Partisanos Rangers de 1862 , aprobada por el Congreso Confederado , autorizó la formación de dichas unidades y les dio legitimidad, lo que las colocó en una categoría diferente de los comunes "bushwhacker" o "guerrilleros". John Singleton Mosby formó una unidad partisana (el 43.º Batallón ) que fue muy eficaz para mantener a las fuerzas de la Unión detrás de sus líneas en el norte de Virginia en los dos últimos años de la guerra. Grupos como los Scouts de Blazer , los Comanches de White , los Loudoun Rangers , los McNeill's Rangers y otras fuerzas similares a veces sirvieron en los ejércitos formales, pero a menudo estaban organizados de forma vaga y operaban más como partisanos que como caballería , especialmente al principio de la guerra.
Por último, las incursiones profundas de las fuerzas de caballería convencional a menudo se consideraban de naturaleza "irregular". Las "Brigadas Partisanas" de Nathan Bedford Forrest y John Hunt Morgan operaron como parte de las fuerzas de caballería del Ejército Confederado de Tennessee en 1862 y 1863. Se les dieron misiones específicas para destruir centros logísticos, puentes ferroviarios y otros objetivos estratégicos para apoyar la misión mayor del Ejército de Tennessee. Morgan también dirigió incursiones en Kentucky. En su última incursión, violó las órdenes al cruzar el río Ohio y atacar también Ohio e Indiana , ya que quería llevar la guerra al Norte. La larga incursión desvió miles de tropas de la Unión. Morgan capturó y puso en libertad condicional a casi 6.000 tropas, destruyó puentes y fortificaciones y ahuyentó al ganado. A mediados de 1863, los Raiders de Morgan habían sido destruidos en su mayoría en los últimos días de la Gran Incursión de 1863 .
Algunos de sus seguidores continuaron bajo su propia dirección, como Marcellus Jerome Clarke , que siguió con las incursiones en Kentucky. La Confederación llevó a cabo pocas incursiones de caballería profunda en los últimos años de la guerra, principalmente debido a las pérdidas de jinetes experimentados y las operaciones ofensivas del Ejército de la Unión. La caballería federal llevó a cabo varias incursiones exitosas durante la guerra, pero en general utilizó sus fuerzas de caballería en un papel más convencional. Una notable excepción fue la incursión de Grierson de 1863 , que contribuyó en gran medida a preparar el escenario para la victoria del general Ulysses S. Grant durante la campaña de Vicksburg .
Las operaciones de contrainsurgencia lograron reducir el impacto de la guerra de guerrillas confederada. En Arkansas, las fuerzas de la Unión utilizaron una amplia variedad de estrategias para derrotar a los irregulares. Entre ellas, se encontraban el uso de las fuerzas unionistas de Arkansas como tropas antiguerrilla, el uso de fuerzas fluviales como cañoneras para controlar las vías navegables y el sistema de aplicación de la ley militar del preboste para espiar a los guerrilleros sospechosos y encarcelar a los capturados. Contra los invasores confederados, el ejército de la Unión desarrolló una caballería eficaz y reforzó ese sistema con numerosos fortines y fortificaciones para defender objetivos estratégicos.
Sin embargo, los intentos de la Unión de derrotar a los Rangers Partisanos de Mosby no tuvieron éxito debido a que Mosby utilizó unidades muy pequeñas (10 a 15 hombres) que operaban en áreas que se consideraban amistosas con los confederados. Otro regimiento, conocido como la Legión de Thomas , tenía indios Cherokee blancos y anti-Unión, se transformó en una fuerza guerrillera y continuó luchando en el remoto interior montañoso del oeste de Carolina del Norte durante un mes después de la rendición de Robert E. Lee en Appomattox Court House . Esa unidad nunca fue completamente suprimida por las fuerzas de la Unión, pero cesó voluntariamente las hostilidades después de capturar la ciudad de Waynesville, Carolina del Norte , el 10 de mayo de 1865.
A finales del siglo XX, varios historiadores se centraron en la decisión del gobierno confederado de no utilizar la guerra de guerrillas para prolongar la guerra. Cerca del final de la guerra, algunos miembros de la administración confederada abogaron por continuar la lucha como un conflicto de guerrillas. Tales esfuerzos fueron rechazados por generales confederados como Lee, que en última instancia creían que la rendición y la reconciliación eran las mejores opciones para el Sur devastado por la guerra.