Continuó sus estudios en Estrasburgo con el profesor de hebreo Johannes Pappus (1549-1610), un ferviente luterano que tuvo como cumbre de su carrera la supresión forzada del culto calvinista y que ejerció una gran influencia sobre él.
Ese mismo año encontró asilo en Quedlinburg y posteriormente fue trasladado a la Iglesia de San Martín en Brunswick, en 1599.
Después de Wahres Christentum, su obra más conocida es Paradiesgärtlein aller christlichen Tugenden (El jardín del Edén: todas las virtudes cristianas), publicada en 1612.
Al igual que Lutero, Arndt guardaba especial cariño por la pequeña obra anónima Theologia Germanica.
Publicó una edición de la misma, en la cual, mediante un prefacio especial, resaltó sus méritos y virtudes.