Sin embargo, tras la caída del gobierno afgano en 1992 y el fin de la guerra, ambos muyahidines acabarían ferozmente enfrentados en una nueva guerra civil, en la cual Hekmatiar fue derrotado tras dos años de conflicto, cosa que le obligó a huir del país, sin embargo la paz no llegaría pues Massoud ahora tendría que enfrentarse a una nueva insurgencia liderada por el mullah Omar, y que tomaría el control del gobierno en 1996.[1] Inició sus estudios superiores en la Academia Militar Mahtab Qala en 1968, pero fue expulsado debido a sus opiniones políticas dos años más tarde.[3] En 1972 fue expulsado por haber asesinado a un compañero universitario militante de una organización maoísta, Saidal Sojandan.Encarcelado, fue liberado en 1973 tras el golpe de Estado del general Mohammed Daud Khan.Daud inició tensiones con Pakistán, al reclamar amplias porciones territoriales (el Pastunistán completo), mientras reprimía a los fundamentalistas locales.Las autoridades pakistaníes confiaron en Hekmatiar y le apoyaron en una rebelión en octubre de 1975, que fue un rotundo fracaso.Los que se quedaron con Hekmatiar pasaron a ser conocidos como los Hezbi Islami Gulbudin.UU. de «invasión», por lo cual este país intensificó aún más su ayuda a los muyahidines en la guerra civil.[9][10] Como todos los líderes de las facciones muyahidines, Hekmatiar saboteaba a los otros comandantes fundamentalistas.En 1994, Hekmatiar se unió a la milicia del general Dostum para derribar al gobierno de Rabbani y Masud, pero falló en el intento.Human Rights Watch calificó el acuerdo como "una afrenta a las víctimas de abusos graves".
Estandarte de Hezbi Islami, organización política armada fundada por Gulbudin Hekmatiar en 1975.
