La crónica ha sido conocida hasta finales del siglo XX mediante los «manuscritos conservados en la Biblioteca de la Real Academia de la Historia con las signaturas 9-4922, antigua A-189, y 9-450, antigua G-l.»[4] De ambos, «el manuscrito BRAH 9-4922, llamado habitualmente con la letra I, es el mâs antiguo de los dos manuscrito», parece haber sido elaborado, al menos su primera parte, hacia el siglo XIII.[6] En 2001 el investigador Estévez Sola apuntaba «un nuevo manuscrito de dicha obra» que estaba «depositado en la Biblioteca Capitular y Colombina de Sevilla» cuya signatura última era 59-4-25 y ocupando los folios 2r-76v bajo un epígrafe equívoco titula Beati Isidori Chronicon.[3] Cuando entre 1909-1921 el historiador francés Georges Cirot se hacía eco, por primera vez de esta crónica, la llamó inicialmente Crónica leonesa (Chronique léonaise).[18] En 1921, Manuel Gómez Moreno cuestiona tal denominación y propone Crónica miscelánea.[19] Pero apenas dos años después, en 1923, Ramón Menéndez Pidal ya la llamó Crónica najerense,[20][21] nombre que ha prevalecido y perdurado hasta hoy.