En 1619 fue nombrado Rector del Colegio Jesuita de Arequipa, luego se trasladó al Colegio Jesuita de Pisco (1622), se encontraba en Trujillo hacia 1627 y finalmente se le nombró Rector del Colegio del Callao (1630).
En 1631 fue enviado a México donde permaneció hasta 1642, ocupado en completar la obra que se hallaba escribiendo.
A su regreso al Perú, residió en el Colegio de San Pablo, y algunos años en el Callao, hasta su fallecimiento.
Se dedicó decididamente a ellos desde 1612, lo que al comienzo le generó algunos conflictos con sus superiores (Franke, 2019).
Tomó apuntes durante casi toda su vida para su obra Historia del Nuevo Mundo, principalmente en México, pero la revisó y terminó en Lima concluyendo con el Prólogo al Lector, firmado el 7 de julio de 1653.