En 1991 volvió a casarse con la científica y colega Susan Greenfield de la que se divorció en 2005.
Según Atkins, mientras que la religión desprecia la capacidad de comprensión humana, la ciencia la respeta.
[2] Atkins también ha participado en debates con distintos teístas como por ejemplo Alister McGrath y William Lane Craig.
En diciembre de 2006, Atkins apareció en la televisión del Reino Unido en el documental El problema con el ateísmo (The Trouble with Atheism), presentado por Rod Liddle.
[3] En 2007, la posición de Atkins respecto a la religión fue descrita por Colin Tudge en un artículo del periódico The Guardian como no científica y Atkins fue descrito como un representante de una línea todavía más dura que Richard Dawkins, así como de no hacer caso, deliberamente, del famoso adagio de Peter Medawar que indica que la La ciencia es el arte del soluble (Science is the art of the soluble).
[4] Atkins volvió a aparecer en 2008 en el polémico documental Desechado: ninguna inteligencia permitida (Expelled: No Intelligence Allowed) en el que dijo al entrevistador Ben Stein que la religión era 'una fantasía', particularmente vacía de cualquier contenido racional y explicativo y también que era mala.