También destaca en su obra la traducción de diferentes obras del italiano o el latín al castellano, e incluso se atrevió a traducir su obra Descripción de las Indias Occidentales al neerlandés.
Sus conocimientos de latín se incrementaron a la vez que aprendió italiano.
En 1575 Gonzaga fue nombrado virrey de Navarra, causa por la cual Herrera regresó a la Península y fijó su residencia en Pamplona.
Cuando Gonzaga pasó a Valencia como virrey en 1579, Herrera trasladó su residencia a la Corte como hombre de máxima confianza de Gonzaga, resolviendo sus cuestiones ante el rey y la Corte.
Simultáneamente Herrera fue ampliando el círculo de sus amistades, estableció contacto con personalidades influyentes a la vez que, paulatinamente, amasaba una pequeña fortuna.
Fruto de este primer matrimonio nació Juana de Herrera, su única hija, que murió en 1587 a temprana edad, tres años después que su madre doña Juana.
Pese a estar considerada una obra independiente, pues como ello fue publicada, es la introducción de sus Décadas, marcando así un patrón muy imitado por los escritores del siglo XX:[4] trata el medio geográfico en el más estricto sentido de la palabra, como herramienta de ayuda para comprender la historia que posteriormente publicaría, localizando los lugares principales y ofreciendo la configuración del territorio como marco de operaciones donde tuvieron lugar los hechos.
Tampoco se trata de una historia cuyo objetivo primordial fuera comprender y valorar lo sucedido, sino que fundamentalmente es descriptiva, dejando los juicios personales a un lado, narrando los sucesos y acontecimientos cuyo protagonismo se halla en los castellanos.
Algunos documentos manuscritos de la época, hoy perdidos, se conocen solo gracias a haberlos incluido Herrera en su obra.
Se trató así la primera historia de América que utilizó todas las fuentes históricas disponibles y llegó a constituirse en la primera Historia general de las Indias.
El único que lo intentó sin mucho éxito fue otro cronista, Pedro Fernández del Pulgar, con buena voluntad y tesón, pero con un resultado desalentador, pues su manuscrito permanece inédito en la actualidad.
Por último, la tercera parte fue publicada en Madrid en 1612, y comprende de 1585 a 1598, terminando con la muerte del rey.