Casi todas las demás obras que realizó en Orvieto aún se conservan en el Museo dell'Opera del Duomo.
La cappella Sistina de Santa María la Mayor, destinada a convertirse en una capilla funeraria para el papa Sixto V, se construyó sobre lo que supuestamente eran las reliquias del pesebre, y no debe confundirse con la mucho más famosa capilla Sixtina del palacio Apostólico en el Vaticano.
Refiriéndose a este proyecto, que comenzó en 1586, Baglione[1][2] identifica siguiendo la tradición un elenco de diez pintores activos en la decoración de los frescos: Cesare Nebbia, Hendrick van den Broek, Angelo da Orvieto, Ercolino da Bologna, Salvatore Fontana, Lattanzio Mainardi, Ferdinando Sermei, Giacomo Stella, Giovanni Battista Pozzo y Paris Nogari.
Para los frescos de la Scala Santa también se empleó un segundo grupo de artistas, incluidos el propio Giovanni Baglione, Stella, Pozzo, Nogari, así como Prospero Orsi, Ferraù Fenzoni, Paul Bril, Paolo Guidotti, Giovanni Battista Ricci, Cesaro Torelli, Antonio Vivarini, Andrea Lilio, Cesare y Vicenzo Conti, Baldassare Croce, Ventura Salimbeni y Antonio Scalvati.
Bajo Clemente VIII diseñó los mosaicos suspendidos que representan a los evangelistas Mateo y Marcos para la basílica de San Pedro.