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Geometría molecular

Geometría de la molécula de agua con valores para la longitud del enlace OH y para el ángulo de enlace HOH entre dos enlaces

La geometría molecular es la disposición tridimensional de los átomos que constituyen una molécula . Incluye la forma general de la molécula, así como las longitudes de enlace , los ángulos de enlace , los ángulos de torsión y cualquier otro parámetro geométrico que determine la posición de cada átomo.

La geometría molecular influye en varias propiedades de una sustancia, incluyendo su reactividad , polaridad , fase de la materia , color , magnetismo y actividad biológica . [1] [2] [3] Los ángulos entre los enlaces que forma un átomo dependen sólo débilmente del resto de la molécula, es decir, pueden entenderse como propiedades aproximadamente locales y, por tanto, transferibles .

Determinación

La geometría molecular se puede determinar mediante varios métodos espectroscópicos y métodos de difracción . La espectroscopia IR , de microondas y Raman puede proporcionar información sobre la geometría de la molécula a partir de los detalles de la absorbancia vibracional y rotacional detectada por estas técnicas. La cristalografía de rayos X , la difracción de neutrones y la difracción de electrones pueden proporcionar la estructura molecular de los sólidos cristalinos basándose en la distancia entre los núcleos y la concentración de la densidad electrónica. La difracción de electrones de gas se puede utilizar para moléculas pequeñas en la fase gaseosa. Los métodos de RMN y FRET se pueden utilizar para determinar información complementaria, incluidas las distancias relativas, [4] [5] [6] ángulos diedros, [7] [8] ángulos y conectividad. Las geometrías moleculares se determinan mejor a baja temperatura porque a temperaturas más altas la estructura molecular se promedia sobre geometrías más accesibles (ver la siguiente sección). Las moléculas más grandes a menudo existen en múltiples geometrías estables ( isomería conformacional ) que están cerca en energía en la superficie de energía potencial . Las geometrías también se pueden calcular con métodos de química cuántica ab initio con gran precisión. La geometría molecular puede ser diferente en estado sólido, en solución y en estado gaseoso.

La posición de cada átomo está determinada por la naturaleza de los enlaces químicos que lo unen a sus átomos vecinos. La geometría molecular se puede describir por las posiciones de estos átomos en el espacio, evocando longitudes de enlace de dos átomos unidos, ángulos de enlace de tres átomos conectados y ángulos de torsión ( ángulos diedros ) de tres enlaces consecutivos .

Influencia de la excitación térmica

Dado que los movimientos de los átomos en una molécula están determinados por la mecánica cuántica, el "movimiento" debe definirse de una manera mecánico-cuántica. Los movimientos mecánicos cuánticos generales (externos) de traslación y rotación apenas modifican la geometría de la molécula. (Hasta cierto punto, la rotación influye en la geometría a través de las fuerzas de Coriolis y la distorsión centrífuga , pero esto es insignificante para la presente discusión). Además de la traslación y la rotación, un tercer tipo de movimiento es la vibración molecular , que corresponde a los movimientos internos de los átomos, como el estiramiento de los enlaces y la variación del ángulo de enlace. Las vibraciones moleculares son armónicas (al menos en una buena aproximación), y los átomos oscilan alrededor de sus posiciones de equilibrio, incluso en el cero absoluto de temperatura. En el cero absoluto, todos los átomos están en su estado fundamental vibracional y muestran un movimiento mecánico cuántico de punto cero , de modo que la función de onda de un solo modo vibracional no es un pico agudo, sino aproximadamente una función gaussiana (la función de onda para n  = 0 se muestra en el artículo sobre el oscilador armónico cuántico ). A temperaturas más altas, los modos vibracionales pueden excitarse térmicamente (en una interpretación clásica esto se expresa diciendo que "las moléculas vibrarán más rápido"), pero aún oscilan alrededor de la geometría reconocible de la molécula.

Para tener una idea de la probabilidad de que la vibración de la molécula pueda ser excitada térmicamente, inspeccionamos el factor de Boltzmann β ≡ exp(− ΔE/kT ) ​​, donde Δ E es la energía de excitación del modo vibracional, k la constante de Boltzmann y T la temperatura absoluta. A 298 K (25 °C), los valores típicos para el factor de Boltzmann β son:

(El centímetro recíproco es una unidad de energía que se utiliza comúnmente en espectroscopia infrarroja ; 1 cm −1 corresponde a1.239 84 × 10 −4  eV ). Cuando una energía de excitación es de 500 cm −1 , entonces aproximadamente el 8,9 por ciento de las moléculas están excitadas térmicamente a temperatura ambiente. Para poner esto en perspectiva: la energía vibracional de excitación más baja en el agua es el modo de flexión (alrededor de 1600 cm −1 ). Por lo tanto, a temperatura ambiente, menos del 0,07 por ciento de todas las moléculas de una cantidad dada de agua vibrarán más rápido que en el cero absoluto.

Como se ha dicho antes, la rotación apenas influye en la geometría molecular. Pero, como movimiento mecánico cuántico, se excita térmicamente a temperaturas relativamente bajas (en comparación con la vibración). Desde un punto de vista clásico, se puede afirmar que a temperaturas más altas, más moléculas rotarán más rápido, lo que implica que tienen mayor velocidad angular y momento angular . En lenguaje mecánico cuántico: más estados propios de mayor momento angular se pueblan térmicamente con temperaturas crecientes. Las energías de excitación rotacional típicas son del orden de unos pocos cm −1 . Los resultados de muchos experimentos espectroscópicos se amplían porque implican un promedio sobre estados rotacionales. A menudo es difícil extraer geometrías de espectros a altas temperaturas, porque el número de estados rotacionales investigados en el promedio experimental aumenta con el aumento de la temperatura. Por lo tanto, solo se puede esperar que muchas observaciones espectroscópicas produzcan geometrías moleculares confiables a temperaturas cercanas al cero absoluto, porque a temperaturas más altas se pueblan térmicamente demasiados estados rotacionales más altos.

Vinculación

Las moléculas, por definición, suelen mantenerse unidas mediante enlaces covalentes que implican enlaces simples, dobles y/o triples, donde un "enlace" es un par de electrones compartidos (el otro método de enlace entre átomos se denomina enlace iónico e implica un catión positivo y un anión negativo ).

Las geometrías moleculares se pueden especificar en términos de "longitudes de enlace", "ángulos de enlace" y "ángulos de torsión". La longitud de enlace se define como la distancia promedio entre los núcleos de dos átomos unidos entre sí en una molécula dada. Un ángulo de enlace es el ángulo formado entre tres átomos a través de al menos dos enlaces. Para cuatro átomos unidos entre sí en una cadena, el ángulo de torsión es el ángulo entre el plano formado por los primeros tres átomos y el plano formado por los últimos tres átomos.

Existe una relación matemática entre los ángulos de enlace de un átomo central y cuatro átomos periféricos (etiquetados del 1 al 4) expresada por el siguiente determinante. Esta restricción elimina un grado de libertad de las opciones de (originalmente) seis ángulos de enlace libres para dejar solo cinco opciones de ángulos de enlace. (Los ángulos θ 11 , θ 22 , θ 33 y θ 44 son siempre cero y esta relación se puede modificar para un número diferente de átomos periféricos expandiendo/contrayendo la matriz cuadrada).

La geometría molecular está determinada por el comportamiento mecánico cuántico de los electrones. Utilizando la aproximación del enlace de valencia, esto se puede entender por el tipo de enlaces entre los átomos que forman la molécula. Cuando los átomos interactúan para formar un enlace químico , se dice que los orbitales atómicos de cada átomo se combinan en un proceso llamado hibridación orbital . Los dos tipos de enlaces más comunes son los enlaces sigma (generalmente formados por orbitales híbridos) y los enlaces pi (formados por orbitales p no hibridados para átomos de elementos del grupo principal ). La geometría también se puede entender mediante la teoría de orbitales moleculares donde los electrones están deslocalizados.

La comprensión del comportamiento ondulatorio de los electrones en átomos y moléculas es el tema de la química cuántica .

Isómeros

Los isómeros son tipos de moléculas que comparten una fórmula química pero tienen geometrías diferentes, lo que da como resultado propiedades diferentes:

Tipos de estructura molecular

Un ángulo de enlace es el ángulo geométrico entre dos enlaces adyacentes. Algunas formas comunes de moléculas simples incluyen:

Tabla VSEPR

Los ángulos de enlace de la tabla siguiente son ángulos ideales de la teoría VSEPR simple (pronunciada "Teoría de Vesper") [ cita requerida ] , seguidos del ángulo real para el ejemplo dado en la siguiente columna donde difiere. Para muchos casos, como la pirámide trigonal y la curva, el ángulo real para el ejemplo difiere del ángulo ideal, y los ejemplos difieren en diferentes cantidades. Por ejemplo, el ángulo en H 2 S (92°) difiere del ángulo tetraédrico en mucho más que el ángulo para H 2 O (104,48°).

En el arte

El arte molecular es una forma relativamente oscura de arte abstracto en la que la geometría molecular, con mayor frecuencia una formación esquelética.

Representaciones 3D

Cuanto mayor sea la cantidad de pares solitarios que contiene una molécula, menores serán los ángulos entre los átomos de esa molécula. La teoría VSEPR predice que los pares solitarios se repelen entre sí, alejando así a los diferentes átomos de ellos.

Véase también

Referencias

  1. ^ McMurry, John E. (1992), Química orgánica (3.ª ed.), Belmont: Wadsworth, ISBN 0-534-16218-5
  2. ^ Algodón, F. Albert ; Wilkinson, Geoffrey ; Murillo, Carlos A.; Bochmann, Manfred (1999), Química inorgánica avanzada (6.ª ed.), Nueva York: Wiley-Interscience, ISBN 0-471-19957-5
  3. ^ Alexandros Chremos; Jack F. Douglas (2015). "¿Cuándo un polímero ramificado se convierte en una partícula?". J. Chem. Phys . 143 (11): 111104. Bibcode :2015JChPh.143k1104C. doi : 10.1063/1.4931483 . PMID  26395679.
  4. ^ Descripción de FRET Archivado el 18 de septiembre de 2008 en Wayback Machine.
  5. ^ Hillisch, A; Lorenz, M; Diekmann, S (2001). "Avances recientes en FRET: determinación de la distancia en complejos proteína-ADN". Current Opinion in Structural Biology . 11 (2): 201–207. doi :10.1016/S0959-440X(00)00190-1. PMID  11297928.
  6. ^ Introducción a la obtención de imágenes FRET Archivado el 14 de octubre de 2008 en Wayback Machine.
  7. ^ Obtención de ángulos diedros a partir de constantes de acoplamiento 3J Archivado el 7 de diciembre de 2008 en Wayback Machine.
  8. ^ Otra constante de acoplamiento de RMN similar a Javascript al diedro Archivado el 28 de diciembre de 2005 en Wayback Machine.
  9. ^ Miessler GL y Tarr DA Química inorgánica (2.ª ed., Prentice-Hall 1999), págs. 57-58
  10. ^ Haynes, William M., ed. (2013). Manual de química y física del CRC (94.ª edición). CRC Press . pp. 9–26. ISBN 9781466571143.
  11. ^ Hoy, AR; Bunker, PR (1979). "Una solución precisa de la ecuación de Schrödinger de flexión rotacional para una molécula triatómica con aplicación a la molécula de agua". Journal of Molecular Spectroscopy . 74 (1): 1–8. Bibcode :1979JMoSp..74....1H. doi :10.1016/0022-2852(79)90019-5.
  12. ^ "Ángulos de enlace experimentales del CCCBDB, página 2". Archivado desde el original el 3 de septiembre de 2014. Consultado el 27 de agosto de 2014 .

Enlaces externos