Un posible origen del topónimo Zaldibia podría estar en la unión de los términos zaldi = caballo e ibia = vado, con lo que el significado sería vado o paso fluvial de caballos.

En 1399 se anexiona a Ordicia, sometiéndose a su jurisdicción civil y criminal pero conservando sus términos, montes y demás bienes, así como su administración económica particular.

[3]​ Hacia mediados del siglo XIX, el lugar, ya por entonces con ayuntamiento propio, tenía contabilizada una población de 1102 habitantes.

Aralar consiguió 510 votos (91,4%), por lo que obtuvo los nueve concejales del consistorio, con Patxi Aierbe como alcalde.

Entendiendo que pertenecían a Batasuna, Aralar renunció a cuatro de las nueve actas de concejal, por lo que la corporación funcionó entre 2003 y 2009 solo con cinco concejales.