A continuación, disputó la Fórmula 3 Francesa durante tres años, donde finalizó cuarto en 1989, sexto en 1990 y séptimo en 1991.

En 1992, Muller resultó campeón de la Fórmula 2 Británica con cuatro victorias y siete podios en nueve carreras.

Muller nuevamente quedó segundo en 2002 al ser derrotado por su compañero en Vauxhall, esta vez James Thompson.

En 2009 intercambiaron posiciones, de forma tal que Muller resultó subcampeón a cuatro puntos del italiano.

En 2010, tras la retirada de SEAT del Campeonato, Muller fichó para el equipo oficial Chevrolet.

En su tercer año como piloto oficial de Chevrolet, Muller obtuvo nueve victorias y 14 podios en 24 carreras, pero no le bastó para superar el puntaje de Huff y Alain Menu, por lo que finalizó tercero en el campeonato 2012.

En 2019, pasó a competir con la marca china Lynk & Co (Cyan Racing), resultando tercero con cuatro victorias y ocho podios.

[1]​ Tras esto, continuó otros tres años en la categoría, donde obtuvo una victoria y el subcampeonato de 2020.