Para su primer trabajo es seleccionado por Shigeru Miyamoto, y entra en el equipo de diseño del Nintendo R&D1 para el videojuego arcade Donkey Kong Jr..

Tras esto, ayuda en el diseño de Kid Icarus y dirige el primer Metroid (ambos en 1986).

En cuanto a su faceta como diseñador, ha trabajado en los siguientes juegos: Balloon Kid (1990), Kaeru no Tame ni Kane wa Naru (1992), Teleroboxer (1995), Galactic Pinball (1995), Game & Watch Gallery (1997), Wario Land 4 (2001), Super Smash Bros.

Sakamoto fue uno de los miembros más destacados del ya extinto Nintendo R&D1, dentro del cual, creó el Equipo Shikamaru dedicado a la creación de guiones para los videojuegos creados dentro del R&D1.

Los guiones creados por Sakamoto pertenecen a los juegos Ginga no Sannin (1987), Famicom Tantei Club (1988), Famicom Tantei Club Part 2 (1989), Kaeru no Tame ni Kane wa Naru (1992) y Card Hero (2000).