El candidato de su partido, Lionel Zinsou, fue derrotado por quien sería su sucesor, Patrice Talon.

[2]​ A pesar de su poca experiencia política, su prestigio como economista parece haber sido fundamental en su ascenso al poder.

[3]​ Al no lograr una mayoría absoluta, se enfrentó en una segunda vuelta al antiguo presidente del parlamento Adrien Houngbédji, que había conseguido el 24,2% de los votos en la primera vuelta.

Estas elecciones, a pesar de algunas irregularidades, fueron consideradas democráticas y justas por observadores internacionales.

La elección, de alta participación a pesar del declive en la segunda vuelta, también fue considerada libre.

Su elección también marcó el fin de la tensión política generada por las disputas entre Soglo y Kérékou por fraude electoral, puesto que ambos expresidentes habían superado la edad constitucional para presentarse a la presidencia nuevamente.

Varios de sus acompañantes resultaron heridos en el tiroteo subsiguiente entre la guardia presidencial y los aspirantes a asesinos.

La controvertida elección, considerada aún libre y justa por observadores internacionales, fue una victoria para Boni quien, contra todo pronóstico, obtuvo su reelección en primera vuelta con más del 53% de los votos, siendo el primer mandatario beninés en lograrlo.

[4]​ Posteriormente, la coalición de Boni retornó a la mayoría parlamentaria, reforzando su gobierno.