Se señaló que un avión basado en el A-12 proporcionaría una alternativa menos costosa al XF-108, ya que gran parte del trabajo de diseño y desarrollo en el YF-12 ya se había realizado y pagado.
Los cambios principales fueron la modificación del morro del avión para ser equipado con el radar Hughes AN/ASG-18, desarrollado originalmente para el F-108, y el añadido de una segunda cabina para un tripulante que operaba el mismo.
Finalmente, las bodegas utilizadas para cargar los equipos de reconocimiento en el A-12 fueron convertidas para llevar misiles.
El programa fue abandonado en ese momento, pero los YF-12 continuaron volando varios años con la USAF y con la NASA, como aviones de investigación.
El avión se exhibe en un museo en la base Hill, siendo el único SR-71 con aletas ventrales en los motores, un artificio del YF-12 que no existe en los otros SR-71.