Formó parte del Far Eastern Party, una componente de la Expedición Antártica Australiana (1912-1913), durante la cual pierde la vida.

A comienzos de 1911, Mertz fue contratado por el geólogo y explorador Douglas Mawson para su Expedición Antártica Australiana.

En el verano 1912–13, Mertz y Ninnis fueron elegidos por Mawson para acompañarlo en la exploración del Lejano Este, utilizando perros para impulsar los trineos a mayor velocidad desde la base de la expedición en la Tierra Adelia hacia Tierra Victoria.

Luego de que Ninnis y un trineo que transportaba la mayoría de los alimentos desaparecieran en una grieta a 500 km del refugio, Mertz y Mawson emprendieron el regreso hacia el oeste, utilizando a los perros para suplementar sus raciones alimenticias.

A unos 160 km de la seguridad, Mertz falleció, y Mawson debió continuar solo.