[2][3] En verano de 2006 se incorporó al Bilbao Athletic, donde estuvo dos temporadas y media.
En esa temporada alcanzó la final de la Copa del Rey, que perdió ante el Barcelona (1-4).
Etxeita demostró un gran nivel y suplió, con éxito, las bajas de Pascal Cygan o Pablo Ruiz.
[9] Disputó 34 partidos, a pesar de sufrir varias lesiones, y anotó tres goles.
Su gol más importante lo anotó en la vuelta de semifinales ante el Espanyol, que permitió alcanzar dicha final.
En su tercera temporada se asentó como titular y disputó 47 partidos, incluso debutó con la selección española.
[20] En su séptimo partido oficial con el club altoaragonés, llevó el brazalete de capitán en un encuentro a domicilio ante el Sevilla.
[21] Una semana más tarde adelantó, con un remate de cabeza, al equipo en el empate a uno ante el Getafe.
[32] Al término de la temporada, el club armero decidió no renovar el contrato del central.
[38] Formó una pareja de centrales inédita con Nacho, jugador del Real Madrid, que disputaba su segundo partido.